Alignment of alleles: Nurse shark (Ginglymostoma cirratum) IGHM2

When several alleles are shown, the nucleotide mutations and amino acid changes for a given codon are indicated in red letters.
Dashes indicate identical nucleotides. Dots indicate gaps by comparison to the longest sequence. Blanks indicate partial sequences (blanks at the 5' and/or 3' end).

The nucleotide between parentheses at the beginning of exons comes from a DONOR-SPLICE (n from ngt). The first nucleotide from an INT-DONOR-SPLICE is underlined (n from ngt).

Exon names are shown between parentheses on the first line.
The Cysteines involved in the IG CH1, CH2 and CH3 intrachain disulfide bridge are shown with a larger letter C in purple. The Cysteines involved in the H-L or H-H interchain disulfide bridge are shown with a larger letter C in black.
STOP-CODON is indicated by an asterisk.

N (Asn, asparagine) of potential N-glycosylation sites (NXS/T, where X is different from P), (N-linked glycosylation) is shown is green (site is underlined in CHS and in pages edited before 14/10/2009).

                                      1   2   3   4   5   6   7   8   9  10  11  12  13  14  15  16  17  18  19  20
                                     E   E   K   P   F   P   P   T   L   Y   G   L   I   S   F   N   Q   Q   H   N                              
  AF327520,IGHM2*01, (CH1) (cDNA) (G)AA GAG AAA CCG TTT CCT CCC ACA CTC TAC GGC CTA ATC TCA TTC AAC CAA CAA CAT AAC 
                                                                                  
                                     21  22  23  24  25  26  27  28  29  30  31  32  33  34  35  36  37  38  39  40
                                     T   G   S   S   V   T   Y   V   C   L   A   T   D   Y   S   P   D   V   I   R 
  AF327520,IGHM2*01, (CH1) (cDNA)   ACC GGC AGT TCC GTG ACC TAC GTC TGT TTG GCG ACG GAT TAT TCC CCT GAC GTC ATC AGA
               
                                     41  42  43  44  45  46  47  48  49  50  51  52  53  54  55  56  57  58  59  60
                                     V   T   W   K   K   D   R   E   P   I   I   T   G   F   M   T   Y   P   S   V  
  AF327520,IGHM2*01, (CH1) (cDNA)   GTG ACG TGG AAG AAA GAC AGG GAG CCG ATA ATC ACT GGA TTT ATG ACT TAT CCA TCA GTG

                                     61  62  63  64  65  66  67  68  69  70  71  72  73  74  75  76  77  78  79  80
                                     R   N   K   E   G   N   Y   A   L   S   S   Q   L   T   F   T   D   S   E   M 
  AF327520,IGHM2*01, (CH1) (cDNA)   AGA AAC AAG GAG GGA AAC TAC GCT TTG AGC AGC CAG TTA ACC TTC ACT GAT TCA GAA ATG 
  
                                     81  82  83  84  85  86  87  88  89  90  91  92  93  94  95  96  97  98  99 100
                                     R   C   C   K   I   Y   C  E   V   R   Y   S   R   S   V   W   R   V   E   M   
  AF327520,IGHM2*01, (CH1) (cDNA)   AGA TGC TGC AAG ATA TAC TGT GAA GTT CGA TAC AGC AGG TCT GTC TGG CGA GTG GAA ATG
                          101
                           p
  AF327520,IGHM2*01, (CH1) (cDNA)   CCA G

                                       1   2   3   4   5   6   7   8   9  10  11  12  13  14  15  16  17  18  19  20
                                      D   V   P   T   C   S   L   I   R   V   N   L   L   P   P   P   I   E   Q   A       
  AF327520,IGHM2*01, (CH3) (cDNA)     AT GTT CCC ACG TGC AGT CTC ATC AGG GTT AAT CTC CTC CCA CCG CCA ATA GAA CAG GCT 
                                                                                 
                                      21  22  23  24  25  26  27  28  29  30  31  32  33  34  35  36  37  38  39  40
                                      L   L   E   A   T   V   T   L   T   C   I   A   F   N   V   P   H   D   V          
  AF327520,IGHM2*01, (CH3) (cDNA)    TTG CTA GAG GCT ACA GTG ACA TTA ACC TGC ATC GCC TTC AAC GTC CCT CAT GAT GTC AAC 
 

                                      41  42  43  44  45  46  47  48  49  50  51  52  53  54  55  56  57  58  59  60
                                      I   S   W   T   R   G   E   R   S   L   K   S   N   V   V   V   Q   T   R   E   
  AF327520,IGHM2*01, (CH3) (cDNA)    ATT TCC TGG ACA CGG GGG GAA AGG TCT CTG AAA TCA AAT GTT GTC GTT CAA ACC AGA GAG
           
                                      61  62  63  64  65  66  67  68  69  70  71  72  73  74  75  76  77  78  79  80
                                      D   P   D   S   V   V   S   K   L   N   V   S   T   Q   A   W   L   S   G   D 
  AF327520,IGHM2*01, (CH3) (cDNA)    GAT CCC GAC AGC GTG GTC AGC AAA CTA AAC GTC TCG ACA CAA GCT TGG CTG AGC GGC GAT 

                                      81  82  83  84  85  86  87  88  89  90  91  92  93  94  95  96  97  98  99 100
                                      D   F   S   C   I   V   N   H   Q   D   L   S   T   P   L   R   S   S   I   H  
  AF327520,IGHM2*01, (CH3) (cDNA)    GAT TTC TCC TGT ATA GTG AAT CAT CAG GAT CTG TCA ACT CCT CTC AGA AGT TCG ATC CAC 

                                     101 102 103
                                      K   K   E    
  AF327520,IGHM2*01, (CH3) (cDNA)    AAG AAG GAA G

                                         1   2   3   4   5   6   7   8   9  10  11  12  13  14  15  16  17  18  19  20
                                        A   G   D   L   R   V   P   F   V   S   I   L   L   P   P   T   E   E   V   S        
  AF327520,IGHM2*01, (CH4)(cDNA)        CT GGA GAT CTG AGA GTA CCG TTC GTT TCA ATA CTC TTG CCA CCG ACG GAA GAA GTC TCC 
                                                                           
                                        21  22  23  24  25  26  27  28  29  30  31  32  33  34  35  36  37  38  39  40
                                        T   Q   R   F   V   S   L   T   C   F   V   R   G   F   S   P   R   E   I   F 
  AF327520,IGHM2*01, (CH4) (cDNA)      ACT CAG AGG TTT GTC TCC CTC ACT TGT TTC GTG AGA GGT TTC TCC CCG CGT GAG ATC TTC  

                                        41  42  43  44  45  46  47  48  49  50  51  52  53  54  55  56  57  58  59  60
                                        V   K   W   T   N   N   D   K   P   V   N   P   S   N   Y   K   N   T   E   V    
  AF327520,IGHM2*01, (CH4) (cDNA)      GTC AAG TGG ACA AAC AAT GAT AAG CCG GTG AAT CCC AGT AAT TAC AAG AAC ACC GAG GTG
  
                                        61  62  63  64  65  66  67  68  69  70  71  72  73  74  75  76  77  78  79  80
                                        T   A   Q   S   D   N   A   S   F   F   M   Y   S   L   L   S   I   A   A   E    
  AF327520,IGHM2*01, (CH4) (cDNA)      ACG GCA CAG AGC GAC AAC GCC TCC TTT TTC ATG TAC AGC CTG TTA TCC ATT GCT GCG GAG
                      
                                        81  82  83  84  85  86  87  88  89  90  91  92  93  94  95  96  97  98  99 100
                                        E   W   A   S   G   A   S   Y   S   C   V   V   G   H   E   A   I   P   L   K     
  AF327520,IGHM2*01, (CH4) (cDNA)      GAG TGG GCC AGC GGT GCT TCT TAC TCC TGT GTG GTG GGA CAT GAA GCG ATT CCA TTG AAG 
 
                                       101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120
                                        I   I   N   R   T   V   D   K   S   S   G   K   P   S   F   V   N   I   S   L     
  AF327520,IGHM2*01, (CH4) (cDNA)      ATC ATT AAC AGA ACA GTT GAC AAA TCC AGC GGT AAA CCA AGT TTT GTA AAC ATT TCA CTT     

                                       121 122 123 124 125 126 127 128 129 130
                                        A   L   M   D   T   I   N   S   C   Q  *
  AF327520,IGHM2*01, (CH4) (cDNA)      GCA CTG ATG GAC ACC ATT AAT TCA TGC CAA


IMGT note:
Spliced, and the CH2 has been deleted from the cassette


Created: Monday, 11-Jul-2011 12:56:59 CEST
Author: Dominique Scaviner

Software material and data coming from IMGT server may be used for academic research only, provided that it is referred to IMGT®, and cited as "IMGT®, the international ImMunoGeneTics information system® http://www.imgt.org (founder and director: Marie-Paule Lefranc, Montpellier, France)." References to cite: Lefranc, M.-P. et al., Nucleic Acids Res., 27:209-212 (1999); doi: 10.1093/nar/27.1.209 Full text Cover; Ruiz, M. et al., Nucleic Acids Res., 28:219-221 (2000); doi: 10.1093/nar/28.1.219 Full text; Lefranc, M.-P., Nucleic Acids Res., 29:207-209 (2001); doi: 10.1093/nar/29.1.207 Full text; Lefranc, M.-P., Nucleic Acids Res., 31:307-310 (2003); doi: 10.1093/nar/gkg085 Full text; Lefranc, M.-P. et al., In Silico Biol., 5, 0006 (2004) [Epub], 5:45-60 (2005); Lefranc, M.-P. et al., Nucleic Acids Res., 33:D593-597 (2005); doi: 10.1093/nar/gki065 Full text; Lefranc, M.-P. et al., Nucleic Acids Res., 37:D1006-1012 (2009); doi: 10.1093/nar/gkn838 Full text; Lefranc, M.-P. et al., Nucleic Acids Res., 43:D413-422 (2015); doi: 10.1093/nar/gku1056 Full text.
For any other use please contact Marie-Paule Lefranc Marie-Paule.Lefranc@igh.cnrs.fr.

CNRS Université de Montpellier European Commission
IMGT® Founder and Executive Director Emeritus:
Marie-Paule Lefranc Marie-Paule.Lefranc@igh.cnrs.fr
IMGT® Director:
Sofia Kossida Sofia.Kossida@igh.cnrs.fr
Bioinformatics manager:
Véronique Giudicelli Veronique.Giudicelli@igh.cnrs.fr
Computer manager:
Patrice Duroux Patrice.Duroux@igh.cnrs.fr
Webmaster:
Amélie Houles

Citing IMGT | Warranty disclaimer and copyright notice | Privacy policy and advertisement policy

© Copyright 1995-2017 IMGT®, the international ImMunoGeneTics information system®