Alignment of alleles: Nurse shark (Ginglymostoma cirratum) IGHJ (overview)

Only one sequence for each allele is shown. This set of sequences is part of the IMGT reference directory.
Other known sequences are shown in the individual  Alignments of alleles.
The W, G and G of the WGXG motif are shown in brown, in the allele *01 amino acid sequence.

                                     
                                          S   Y   E   Y   G   G   G   T   V   V   T   V   N   P
  L38965  ,IGHJ1*01                   AC AGC TAT GAA TAC GGA GGT GGC ACT GTC GTG ACT GTA AAT CCT

                                      S   F   D   E   Y   G   G   G   T   V   V   T
  L38966  ,IGHJ2*01               AC AGC TTT GAT GAA TAC GGA GGT GGC ACT GTC GTG ACT G

                                          S   Y   E   Y   G   G   G   T   V   V   T
  L38967  ,IGHJ3*01                   AC AGC TAT GAA TAC GGA GGT GGC ACT GTC GTG ACT G

                                      N   Y   A   A   C   G   D   G   T   A   V   T
  L38968  ,IGHJ4*01               AC AAC TAT GCT GCA TGC GGC GAC GGC ACT GCC GTG ACT T

                                              G   Y   W   G   Q   G   T   M   V   T   V   T   T
  M92851  ,IGHJ5*01                          GGT TAC TGG GGA CAA GGA ACC ATG GTG ACC GTG ACT ACA #c

                                      A   L   D   Y   W   G   Q     T   R   V   T   V   T
  AF327520,IGHJ6*01                  GCG TTG GAC TAC TGG GGA CAA GGG ACC AGA GTA ACG GTA ACT

                                                 A    C   G   S     T   A   V   T   V   T   P
  U18701  ,IGHJ7*01                              GCA TGC GGA TCA GGC ACT GCC GTG ACT GTT ACT CCT #c

                                                      Y   G   G   G   T   G   V   T   V   N   P
  U18680  ,IGHJ8*01                                  TAC GGA GGT GGC ACT GGC GTG ACT GTG AAT CCT #c

                                                      Y   G   G   G   T   V   V   T   V   N   P
  U18716  ,IGHJ9*01                                  TAT GGA GGT GGC ACT GTC GTG ACT GTG AAT CCT #c

                                                  A   C   G   D   G   T   F   V   T   V   N   P
  U18717  ,IGHJ10*01                             GCA TGC GGA GAT GGC ACT TTC GTG ACT GTG AAT CCT #c

                                                      Y   G   A   D   T   V   V   T   V   N   P   G
  U18686  ,IGHJ11*01                                 TAC GGA GCT GAC ACT GTC GTG ACT GTC AAT CCT #c

                                          Y   A   A   C   G   A   G   T   A   V   T   V   N   P
  U18687  ,IGHJ12*01                     TAT GCT GCA TGT GGA GCT GGC ACT GCC GTG ACT GTG AAT CCT #c

                                                      Y   G   S   G   T   V   L   T   V   N   P
  U18714  ,IGHJ13*01                                 TAC GGC AGT GGC ACT GTA CTG ACT GTG AAT CCT #c

                                                  A   C   G   D   G   T   A   V   T   V   N   P
  U18718  ,IGHJ14*01                             GCA TGC GGA GAT GGC ACT GCC GTG ACT GTG AAT CCT #c

                                                      Y   G   G   G   T   V   V   T   V   N   P
  U18713  ,IGHJ15*01                                 TAC GGA GGT GGC ACT GTC GTG ACT GTC AAT CCT #c

                                      I   Y   D   E   C   G   D   G   T   A   V   T   V   N   P
  U18700  ,IGHJ16*01             ATC TAT GAT GAA TGC GGA GAT GGC ACT GCC GTG ACT GTG AAT CCT #c

                                                      C   G   D   G   T   V   V   T   V   N   P
  U18702  ,IGHJ17*01                                 TGC GGA GAT GGC ACT GTC GTG ACT GTG AAT CCT #c

                                                      C   G     G   T   V   V   T   V   N   P
  U18715  ,IGHJ18*01                                 TGC GGA GGT GGC ACT GTC GTG ACT GTG AAT CCT #c

                                                      Y   G   G   G   T   V   V   T   V   N   P
  U18726  ,IGHJ19*01                                 TAC GGA GGT GGC ACT GTC GTG ACT GTG AAT CCT #c

                                          Y   A   A   V   G   D   G   T   A   V   T   V   N   P
  U18693  ,IGHJ20*01                     TAT GCT GCA GTA GGA GAT GGC ACT GCC GTG ACT GTG AAT CCT #c

                                                      C   G   E   G   T   A   V   T   V   N   P
  U18725  ,IGHJ21*01                                 TGC GGA GAG GGC ACT GCC GTG ACT GTC AAC CCT #c

                                              A   A   C   G   H   G   T   A   V   T   V   T   S
  U18685  ,IGHJ22*01                         GCT GCA TGC GGT CAT GGC ACT GCC GTG ACT GTG ACT TCT #c

                                                      Y   G   G   G   T   V   V   T   V   N   P
  U18688  ,IGHJ23*01                                 TAC GGA GGT GGC ACT GTC GTG ACT GTG AAT CCT #c

                                                      C   G   D   G   T   T   V   T   V   H   P
  U18724  ,IGHJ24*01                                 TGC GGC GAC GGC ACT ACC GTG ACT GTT CAT CCT #c

                                          Y   A   A   C   G   P   G   T   T   V   T   V   N   P
  U18696  ,IGHJ25*01                     TAT GCT GCC TGC GGA CCT GGC ACT ACC GTG ACT GTG AAT CCT #c

                                          Y   A   A   C   G   H   G   T   A   V   T   V   N   A
  U18705  ,IGHJ26*01                     TAT GCT GCA TGC GGA CAT GGC ACT GCC GTG ACT GTG AAT GCC #c

                                                  A   C   G   H   G   T   A   V   T   V   N   P
  U18703  ,IGHJ27*01                             GCA TGC GGT CAT GGA ACT GCC GTG ACT GTG AAT CCT #c

                                                      C   G   D   G   T   A   V   T   V   N   P
  U18682  ,IGHJ28*01                                 TGC GGA GAT GGA ACT GCC GTG ACG GTG AAT CCT #c

                                          Y   A   A   C   G   D   A   T   A   V   T   V   N   P
  U18706  ,IGHJ29*01                     TAT GCT GCA TGC GGA GAT GCC ACT GCC GTG ACT GTG AAT CCT #c

                                                  A   C   G   D   G   T   V   V   T   V   S   P
  U18704  ,IGHJ30*01                             GCA TGT GGA GAT GGC ACT GTC GTG ACT GTG AGT CCT #c

                                                      C   G   D   G   T   A   V   T   V   N   P
  U18681  ,IGHJ31*01                                 TGC GGA GAT GGC ACT GCC GTG ACT GTG AAT CCT #c

                                          Y   A   A   C   G   D   G   T   A   V   T   V   N   P
  U18684  ,IGHJ32*01                     TAT GCT GCA TGC GGA GAT GGC ACT GCC GTG ACT GTG AAT CCT #c

                                                      C   G   D   N   T   A   V   T   V   N   P
  U18708  ,IGHJ33*01                                 TGC GGA GAT AAC ACT GCC GTG ACT GTG AAT CCT #c

                                                  A   C   G   H   G   T   T   V   T   V   A   P
  U18722  ,IGHJ34*01                             GCA TGC GGA CAT GGC ACT ACA GTG ACT GTC GCT CCA #c

                                                      C   G   D   G   T   V   L   T   V   N   P
  U18683  ,IGHJ35*01                                 TGC GGA GAT GGC ACT GTT TTG ACT GTG AAT CCT #c

                                              A   A   C   G   D   G   T   A   V   T   V   N   P
  U18690  ,IGHJ36*01                         GCT GCA TGC GGA GAT GGC ACT GCC GTG ACT GTG AAT CCT #c

                                                  A   C   G   L   G   T   A   V   T   V   N   P
  U18695  ,IGHJ37*01                             GCA TGC GGA CTC GGC ACT GCC GTG ACT GTG AAT CCT #c

                                          Y   A   A   C   G   D   G   T   A   V   T   V   N   P
  U18712  ,IGHJ38*01                     TAT GCT GCG TGC GGA GAT GGC ACT GCC GTG ACT GTG AAT CCT #c

                                              A   A   C   G   D   G   T   A   V   T   V   N   P
  U18719  ,IGHJ39*01                         GCT GCA TGC GGA GAT GGC ACT GCC GTG ACT GTG AAT CCT #c

                                                      Y   G   G   G   T   V   V   T   V   N   P
  U18691  ,IGHJ40*01                                 TAC GGA GGT GGC ACT GTC GTG ACT GTG AAT CCT #c

                                                  A   C   G   D   G   T   A   V   T   V   N   P
  U18694  ,IGHJ41*01                             GCA TGC GGA GAT GGC ACT GCC GTG ACT GTG AAT CCT #c

                                              A   A   C   G   D   G   T   A   V   T   V   N   P
  U18720  ,IGHJ42*01                         GCT GCA TGC GGA GAT GGC ACT GCC GTG ACT GTG AAT CCT #c

                                                      C   G   G   G   T   D   V   T   V   N   T
  U18698  ,IGHJ43*01                                 TGC GGA GGC GGC ACT GAC GTG ACT GTG AAT ACG #c

                                              A   A   C   G   D   G   T   A   V   T   V   N   P
  U18692  ,IGHJ44*01                         GCT GCA TGC GGA GAT GGC ACT GCC GTG ACT GTG AAT CCT #c

                                          Y   A   A   C   G   D   G   T   A   V   T   V   N   P
  U18707  ,IGHJ45*01 (1)                     TAT GCT GCA TGC GGA GAT GGC ACT GC. GTG ACT GTG AAT CCT #c

                                          Y   A   A   C   G   D   G   T   S   V   T   V   N   P
  U18699  ,IGHJ46*01                     TAT GCT GCA TGT GGA GAT GGC ACC TCC GTG ACT GTG AAT CCT #c

                                          Y   A   A   C   G   D   G   T   A   V   T   V   N   P
  U18710  ,IGHJ47*01                     TAT GCT GCA TGC GGA GAT GGC ACT GCC GTG ACT GTG AAT CCT #c

                                              A   A   C   G   E   G   T   A   V   T   V   N   P
  U18689  ,IGHJ48*01                         GCT GCC TGC GGA GAG GGC ACT GCC GTG ACT GTG AAT CCT #c

                                          Y   A   A   C   G   D   G   T   T   V   T   V   K   P
  U18709  ,IGHJ49*01                     TAT GCT GCA TGC GGG GAC GGC ACT ACC GTG ACT GTG AAG CCT #c

                                          L   D   Y   W   G   D   G   T   F   L   E   V   T   S
  U51450  ,IGHJ50*01                     CTT GAC TAC TGG GGA GAC GGA ACC TTT CTG GAA GTG ACT TCA #c

                                                      C   G   D   G   T   A   V   T   V   N   P
  U18697  ,IGHJ51*01                                 TGC GGA GAT GGC ACT GCC GTG ACT GTG AAC CCT #c

                                                  A   C   G   D   G   T   A   V   T   V   N   P
  U18723  ,IGHJ52*01                             GCA TGC GGA GAT GGC ACT GCC GTG ACT GTG AAT CCT #c
#c: rearranged cDNA

IMGT note:
(1) DELETION of a C nucleotide seems to be a typing error.


Last updated: Monday, 11-Jul-2011 12:56:54 CEST
Created: 02/12/2002
Author: Dominique Scaviner

Software material and data coming from IMGT server may be used for academic research only, provided that it is referred to IMGT®, and cited as "IMGT®, the international ImMunoGeneTics information system® http://www.imgt.org (founder and director: Marie-Paule Lefranc, Montpellier, France)." References to cite: Lefranc, M.-P. et al., Nucleic Acids Res., 27:209-212 (1999); doi: 10.1093/nar/27.1.209 Full text Cover; Ruiz, M. et al., Nucleic Acids Res., 28:219-221 (2000); doi: 10.1093/nar/28.1.219 Full text; Lefranc, M.-P., Nucleic Acids Res., 29:207-209 (2001); doi: 10.1093/nar/29.1.207 Full text; Lefranc, M.-P., Nucleic Acids Res., 31:307-310 (2003); doi: 10.1093/nar/gkg085 Full text; Lefranc, M.-P. et al., In Silico Biol., 5, 0006 (2004) [Epub], 5:45-60 (2005); Lefranc, M.-P. et al., Nucleic Acids Res., 33:D593-597 (2005); doi: 10.1093/nar/gki065 Full text; Lefranc, M.-P. et al., Nucleic Acids Res., 37:D1006-1012 (2009); doi: 10.1093/nar/gkn838 Full text; Lefranc, M.-P. et al., Nucleic Acids Res., 43:D413-422 (2015); doi: 10.1093/nar/gku1056 Full text.
For any other use please contact Marie-Paule Lefranc Marie-Paule.Lefranc@igh.cnrs.fr.

CNRS Université de Montpellier European Commission
IMGT® Founder and Executive Director Emeritus:
Marie-Paule Lefranc Marie-Paule.Lefranc@igh.cnrs.fr
IMGT® Director:
Sofia Kossida Sofia.Kossida@igh.cnrs.fr
Bioinformatics manager:
Véronique Giudicelli Veronique.Giudicelli@igh.cnrs.fr
Computer manager:
Patrice Duroux Patrice.Duroux@igh.cnrs.fr
Webmaster:
Amélie Houles

Citing IMGT | Warranty disclaimer and copyright notice | Privacy policy and advertisement policy

© Copyright 1995-2017 IMGT®, the international ImMunoGeneTics information system®