Alignment of alleles: Sandbar shark (Carcharhinus plumbeus) IGHW1

When several alleles are shown, the nucleotide mutations and amino acid changes for a given codon are indicated in red letters.
Dashes indicate identical nucleotides. Dots indicate gaps by comparison to the longest sequence. Blanks indicate partial sequences (blanks at the 5' and/or 3' end).

The nucleotide between parentheses at the beginning of exons comes from a DONOR-SPLICE (n from ngt). The first nucleotide from an INT-DONOR-SPLICE is underlined (n from ngt).

Exon names are shown between parentheses on the first line.
The Cysteines involved in the IG CH1, CH2 and CH3 intrachain disulfide bridge are shown with a larger letter C in purple. The Cysteines involved in the H-L or H-H interchain disulfide bridge are shown with a larger letter C in black.
STOP-CODON is indicated by an asterisk.

N (Asn, asparagine) of potential N-glycosylation sites (NXS/T, where X is different from P), (N-linked glycosylation) is shown is green (site is underlined in CHS and in pages edited before 14/10/2009).

                                           1   2   3   4   5   6   7   8   9  10  11  12  13  14  15  16  17  18  19  20
                                          V   T   Q   A   A   P   S   V   Y   I   P   N   P   S   C   D   V   N   S   N    
  U40560  ,IGHW1*01 (CH1)(cDNA) (S)    (G)TT ACC CAG GCT GCA CCA TCG GTC TAC ATT CCC AAC CCT TCC TGT GAC GTG AAC TCA AAC 

 
                                          21  22  23  24  25  26  27  28  29  30  31  32  33  34  35  36  37  38  39  40
                                          Q   D   E   I   S   L   V   C   L   V   K   G   F   Q   P   K   A   I   T   Q   
  U40560  ,IGHW1*01                      CAA GAT GAG ATC AGC CTC GTC TGC CTG GTG AAG GGC TTT CAA CCC AAG GCC ATC ACT CAG  


                                          41  42  43  44  45  46  47  48  49  50  51  52  53  54  55  56  57  58  59  60
                                          T   W   S   R   N   N   R   V   I   T   T   G   I   K   K   F   P   P   V   Q   
  U40560  ,IGHW1*01                      ACA TGG TCC AGG AAC AAC AGG GTC ATT ACG ACT GGA ATC AAG AAG TTT CCA CCA GTC CAG 


                                          61  62  63  64  65  66  67  68  69  70  71  72  73  74  75  76  77  78  79  80
                                          G   K   D   M   K   Y   T   M   S   S   V   L   K   V   S   A   S   D   W   N   
  U40560  ,IGHW1*01                      GGA AAA GAC ATG AAA TAC ACG ATG AGC AGT GTT CTC AAA GTC TCT GCG TCA GAT TGG AAT  


                                          81  82  83  84  85  86  87  88  89  90  91  92  93  94  95  96  97  98  99 100
                                          T   D   S   A   Y   H   C   K   A   G   H   D   S   N   A   M   V   E   R   Q   
  U40560  ,IGHW1*01                      ACC GAT AGT GCC TAC CAC TGC AAG GCG GGC CAC GAT TCC AAC GCA ATG GTG GAA CGG CAA 


                                         101  102
                                          Y   K
  U40560  ,IGHW1*01                      TAC AAA A

                                              
                                              

                                           1   2   3   4   5   6   7   8   9  10  11  12  13  14  15  16  17  18  19  20
                                          T   P   K   S   P   N   V   I   P   L   I   P   T   A   Q   I   I   Y   N   Q    
  U40560  ,IGHW1*01 (CH2)(cDNA) (S)       CA CCC AAA AGT CCA AAT GTC ATC CCC CTT ATC CCA ACC GCG CAG ATT ATC TAC AAT CAA 


                                          21  22  23  24  25  26  27  28  29  30  31  32  33  34  35  36  37  38  39  40
                                          T   T   A   V   L   G   C   V   I   S   G   F   A   P   D   S   I   Q   V   S
  U40560  ,IGHW1*01                      ACC ACT GCT GTC CTG GGC TGT GTG ATA TCT GGA TTT GCT CCC GAC AGC ATC CAG GTT TCC 


                                          41  42  43  44  45  46  47  48  49  50  51  52  53  54  55  56  57  58  59  60
                                          W   K   K   G   Q   L   E   Q   T   G   V   V   F   P   S   K   Q   R   P   D
  U40560  ,IGHW1*01                      TGG AAG AAA GGC CAG TTG GAA CAA ACA GGT GTT GTT TTC CCT TCC AAA CAG AGA CCT GAC  


                                          61  62  63  64  65  66  67  68  69  70  71  72  73  74  75  76  77  78  79  80
                                          N   T   F   E   T   V   S   Y   L   T   V   T   V   A   D   W   K   N   G   D  
  U40560  ,IGHW1*01                      AAT ACA TTC GAA ACA GTC TCT TAC CTG ACA GTC ACT GTG GCG GAT TGG AAG AAC GGA GAT 


                                          81  82  83  84  85  86  87  88  89  90  91  92  93  94  95  96  97  98  99 100
                                          G   Y   V   C   Q   V   T   H   A   P   S   N   F   N   Q   G   I   S   L   R   
  U40560  ,IGHW1*01                      GGC TAC GTT TGT CAA GTG ACC CAC GCA CCT TCG AAC TTC AAT CAG GGG ATC AGT TTG AGA 


                                         101 102 103
                                          Y   Q   E
  U40560  ,IGHW1*01                      TAC CAA GAG G

                                           1   2   3   4   5   6   7   8   9  10  11  12  13  14  15  16  17  18  19  20
                                          E   M   T   V   L   I   R   N   P   S   I   R   E   V   W   T   N   K   T   A
  U40560  ,IGHW1*01 (CH3)(cDNA) (S)       AA ATG ACT GTT TTG ATC CGA AAT CCT TCC ATC AGA GAG GTT TGG ACG AAC AAG ACG GCT 


                                          21  22  23  24  25  26  27  28  29  30  31  32  33  34  35  36  37  38  39  40
                                          T   L   E   C   S   V   V   C   S   D   P   S   P   I   Q   I   L   W   E   V
  U40560  ,IGHW1*01                      ACC CTG GAG TGC TCA GTG GTC TGT TCT GAT CCG AGC CCA ATC CAA ATC CTC TGG GAA GTG


                                          41  42  43  44  45  46  47  48  49  50  51  52  53  54  55  56  57  58  59  60
                                          S   D   K   S   R   S   D   G   V   L   T   Y   P   P   T   R   E   G   S   L
  U40560  ,IGHW1*01                      AGC GAC AAG AGT AGA AGT GAC GGA GTT TTG ACT TAT CCG CCC ACA AGG GAA GGG AGC CTG
           

                                          61  62  63  64  65  66  67  68  69  70  71  72  73  74  75  76  77  78  79  80
                                          H   I   I   V   S   Q   L   R   T   S   A   E   E   W   E   S   G   V   E   F
  U40560  ,IGHW1*01                      CAC ATT ATC GTC AGC CAA CTT CGA ACC AGT GCA GAG GAA TGG GAG AGC GGG GTG GAG TTT


                                          81  82  83  84  85  86  87  88  89  90  91  92  93  94  95  96  97  98  99 100
                                          V   C   S   V   H   G   A   A   S   S   A   P   V   S   K   R   I   S   R   A
  U40560  ,IGHW1*01                      GTG TGC TCC GTG CAT GGT GCT GCC TCG TCT GCA CCG GTG TCA AAA CGG ATA AGC AGA GCA


                                         101 102 
                                          K
  U40560  ,IGHW1*01                      AAA G

                                           1   2   3   4   5   6   7   8   9  10  11  12  13  14  15  16  17  18  19  20
                                          V   N   P   K   S   P   T   V   R   L   L   P   P   T   E   E   E   M   K   S
  U40560  ,IGHW1*01 (CH4)(cDNA) (S)       TG AAC CCA AAA AGT CCC ACA GTT AGA CTG CTG CCC CCA ACA GAA GAA GAG ATG AAG AGT 


                                          21  22  23  24  25  26  27  28  29  30  31  32  33  34  35  36  37  38  39  40
                                          K   N   T   A   T   L   E   C   L   I   T   G   F   Y   P   D   F   V   N   V  
  U40560  ,IGHW1*01                      AAG AAC ACA GCC ACA CTC GAG TGT TTG ATC ACT GGA TTC TAC CCG GAC TTC GTG AAT GTC 


                                          41  42  43  44  45  46  47  48  49  50  51  52  53  54  55  56  57  58  59  60
                                          A   W   E   K   N   G   V   L   I   S   S   K   T   R   A   G   L   T   A   L  
  U40560  ,IGHW1*01                      GCC TGG GAG AAA AAT GGT GTT CTG ATC TCC TCC AAG ACT CGT GCT GGG CTC ACC GCT CTG 


                                          61  62  63  64  65  66  67  68  69  70  71  72  73  74  75  76  77  78  79  80
                                          E   Q   A   G   T   F   S   V   R   H   Y   L   T   V   S   T   E   E   W   R  
  U40560  ,IGHW1*01                      GAG CAG GCA GGG ACA TTC AGT GTC AGG CAC TAC CTG ACT GTG AGT ACA GAG GAG TGG AGG 
   
                   
                                          81  82  83  84  85  86  87  88  89  90  91  92  93  94  95  96  97  98  99 100
                                          K   S   S   A   F   T   C   T   V   S   H   P   P   S   H   F   N   S   R   K  
  U40560  ,IGHW1*01                      AAA AGC TCA GCC TTC ACC TGC ACT GTG TCT CAC CCA CCC TCC CAC TTC AAC AGC CGC AAG  


                                         101 102 103 104 105 106 
                                          T   V   K   N   I   Q     
  U40560  ,IGHW1*01                      ACA GTG AAG AAC ATC CAA G 

                                           1   2   3   4   5   6   7   8   9  10  11  12  13  14  15  16  17  18  19  20
                                          D   Q   C   L   D   T   G   I   S   V   T   L   R   K   P   P   F   E   E   I   
  U40560  ,IGHW1*01 (CH5)(cDNA) (S)       AT CAG TGT TTG GAC ACT GGG ATC TCA GTC ACC TTA AGG AAA CCT CCT TTT GAA GAG ATC  
   

                                          21  22  23  24  25  26  27  28  29  30  31  32  33  34  35  36  37  38  39  40
                                          W   R   N   R   T   A   T   L   L   C   E   I   L   H   G   D   L   E   G   A  
  U40560  ,IGHW1*01                      TGG AGG AAC AGG ACA GCC ACT CTT CTT TGT GAG ATA CTT CAT GGT GAT TTG GAG GGA GCC 
 

                                          41  42  43  44  45  46  47  48  49  50  51  52  53  54  55  56  57  58  59  60
                                          R   V   T   W   Q   V   D   G   I   E   R   K   D   E   V   K   T   Q   S   P   
  U40560  ,IGHW1*01                      AGG GTG ACC TGG CAG GTG GAT GGA ATT GAG AGA AAA GAT GAA GTG AAG ACT CAG AGT CCC  



                                          61  62  63  64  65  66  67  68  69  70  71  72  73  74  75  76  77  78  79  80
                                          K   R   N   G   D   R   D   M   I   F   S   R   L   T   V   P   A   A   E   W   
  U40560  ,IGHW1*01                      AAG AGG AAT GGA GAC AGA GAC ATG ATC TTC AGC AGA TTG ACG GTC CCT GCC GCA GAG TGG  

                 
                                          81  82  83  84  85  86  87  88  89  90  91  92  93  94  95  96  97  98  99 100
                                          E   S   G   V   E   Y   L   C   W   V   E   D   K   S   L   P   T   P   E   K   
  U40560  ,IGHW1*01                      GAA AGC GGG GTT GAG TAT TTG TGT TGG GTG GAG GAC AAG AGT TTG CCC ACG CCG GAG AAG  


                                         101 102 103 104 105 106 107
                                          R   S   I   R   K   A   Q
  U40560  ,IGHW1*01                      AGG TCA ATC AGG AAA GCC CAA G

                                           1   2   3   4   5   6   7   8   9  10  11  12  13  14  15  16  17  18  19  20
                                          V   E   V   K   T   Q   P   Q   V   Y   L   L   P   P   S   S   D   E   M   E
  U40560  ,IGHW1*01 (CH6)(cDNA) (S)       TT GAG GTT AAG ACT CAG CCT CAA GTC TAC CTC CTT CCC CCT TCG TCG GAT GAG ATG GAG  
 

                                          21  22  23  24  25  26  27  28  29  30  31  32  33  34  35  36  37  38  39  40
                                          R   D   Q   T   A   T   L   V   C   L   V   T   G   F   S   P   A   D   I   Y
  U40560  ,IGHW1*01                      AGG GAC CAG ACT GCG ACC CTG GTA TGC CTG GTG ACG GGA TTC TCC CCC GCA GAC ATC TAC 


                                          41  42  43  44  45  46  47  48  49  50  51  52  53  54  55  56  57  58  59  60
                                          L   A   W   M   A   N   D   T   L   L   K   S   G   F   V   N   Q   P   V   S
  U40560  ,IGHW1*01                      CTG GCC TGG ATG GCC AAC GAC ACT CTC CTG AAA TCG GGA TTC GTG AAC CAG CCT GTG AGC 


                                          61  62  63  64  65  66  67  68  69  70  71  72  73  74  75  76  77  78  79  80
                                          E   D   G   H   S   G   W   K   S   T   S   Q   L   T   V   S   A   D   E   W
  U40560  ,IGHW1*01                      GAG GAT GGT CAC AGC GGC TGG AAG TCC ACG AGT CAG CTG ACA GTC TCT GCG GAC GAG TGG 
 

                                          81  82  83  84  85  86  87  88  89  90  91  92  93  94  95  96  97  98  99 100
                                          N   S   G   T   T   Y   S   C   V   V   G   H   E   S   V   T   S   N   L   F
  U40560  ,IGHW1*01                      AAC AGC GGG ACC ACT TAC TCC TGT GTG GTG GGA CAT GAG TCA GTC ACA TCA AAC CTG TTC 


                                         101 102 103 104 105 106 107 108 109 110 111 112 113 114 115 116 117 118 119 120
                                          R   S   I   N   K   S   H   S   K   P   T   L   V   N   V   S   L   V   L   T
  U40560  ,IGHW1*01                      AGG AGC ATT AAT AAA TCT CAC AGC AAA CCC ACC CTG GTC AAT GTG TCA CTT GTC CTG ACC

                                         121 122 123 124 125 126 127 
                                          E   S   F   K   S   C   S   * 
  U40560  ,IGHW1*01                      GAG AGT TTT AAA TCC TGC TCA
(s): transcript of secreted chain.


Last updated: Tuesday, 03-Apr-2012 08:20:21 CEST
Created: 28/01/2002
Author: Dominique Scaviner

Software material and data coming from IMGT server may be used for academic research only, provided that it is referred to IMGT®, and cited as "IMGT®, the international ImMunoGeneTics information system® http://www.imgt.org (founder and director: Marie-Paule Lefranc, Montpellier, France)." References to cite: Lefranc, M.-P. et al., Nucleic Acids Res., 27:209-212 (1999); doi: 10.1093/nar/27.1.209 Full text Cover; Ruiz, M. et al., Nucleic Acids Res., 28:219-221 (2000); doi: 10.1093/nar/28.1.219 Full text; Lefranc, M.-P., Nucleic Acids Res., 29:207-209 (2001); doi: 10.1093/nar/29.1.207 Full text; Lefranc, M.-P., Nucleic Acids Res., 31:307-310 (2003); doi: 10.1093/nar/gkg085 Full text; Lefranc, M.-P. et al., In Silico Biol., 5, 0006 (2004) [Epub], 5:45-60 (2005); Lefranc, M.-P. et al., Nucleic Acids Res., 33:D593-597 (2005); doi: 10.1093/nar/gki065 Full text; Lefranc, M.-P. et al., Nucleic Acids Res., 37:D1006-1012 (2009); doi: 10.1093/nar/gkn838 Full text; Lefranc, M.-P. et al., Nucleic Acids Res., 43:D413-422 (2015); doi: 10.1093/nar/gku1056 Full text.
For any other use please contact Marie-Paule Lefranc Marie-Paule.Lefranc@igh.cnrs.fr.

CNRS Université de Montpellier European Commission
IMGT® Founder and Executive Director Emeritus:
Marie-Paule Lefranc Marie-Paule.Lefranc@igh.cnrs.fr
IMGT® Director:
Sofia Kossida Sofia.Kossida@igh.cnrs.fr
Bioinformatics manager:
Véronique Giudicelli Veronique.Giudicelli@igh.cnrs.fr
Computer manager:
Patrice Duroux Patrice.Duroux@igh.cnrs.fr
Webmaster:
Amélie Houles

Citing IMGT | Warranty disclaimer and copyright notice | Privacy policy and advertisement policy

© Copyright 1995-2017 IMGT®, the international ImMunoGeneTics information system®