IMGT Web resources

Here you are: IMGT Web resources > IMGT Education > Questions and Answers

Module Bioinformatique-Immunoinformatique
Examen Beyrouth 2002

Bases de données généralistes

• Citez parmi les bases de données généralistes:
  • 3 bases de séquences nucléotidiques

   

  • 2 bases de séquences protéiques

   

  • 1 base de structures 3D

   

  • 2 bases de données génétiques

   

Outils bioinformatiques

• Citez un outil pour:

   

  • aligner une séquence avec une autre séquence.

   

  • aligner une séquence contre une base de données.

   

  • faire un alignement de plusieurs séquences.

   

  • construire un arbre phylogénétique.

   

Motifs d'identification des gènes V, D et J

• Quels sont les motifs qui vous permettent d'identifier un gène V, un gène D et un gène J dans une séquence génomique "germline" (non-réarrangée) d'immunoglobuline? (faire 3 schémas bien annotés).

 

 

 

 

 

 

IMGT Collier de Perles

• Qu'appelle-t-on Colliers de Perles dans IMGT? Quels sont les avantages de cette représentation?

 

 

Flat file

• Décrire brièvement les "lignes" suivantes d'un fichier à plat (flat file)
  • ID
  • DE
  • KW
  • RA
  • RN
  • CC

• Qu'appelle-t-on arbre phylogénétique avec longueurs de branches et sans longueurs de branches ? (faire un petit schéma).
  Citez deux méthodes pour enraciner un arbre phylogénétique.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Created: 14/04/2003
Last updated: Wednesday, 29-Jun-2011 17:01:42 CEST
Authors: Céline Protat and Marie-Paule Lefranc
Editor: Chantal Ginestoux
Contact: Marie-Paule Lefranc

IMGT Home page | IMGT Repertoire (IG and TR) | IMGT Repertoire (MH) | IMGT Repertoire (RPI) | IMGT Index | IMGT Scientific chart | IMGT Education

Software material and data coming from IMGT server may be used for academic research only, provided that it is referred to IMGT®, and cited as "IMGT®, the international ImMunoGeneTics information system® http://www.imgt.org (founder and director: Marie-Paule Lefranc, Montpellier, France)." References to cite: Lefranc, M.-P. et al., Nucleic Acids Research, 27, 209-212 (1999) Cover of NAR; Ruiz, M. et al., Nucleic Acids Research, 28, 219-221 (2000); Lefranc, M.-P., Nucleic Acids Research, 29, 207-209 (2001); Lefranc, M.-P., Nucleic Acids Res., 31, 307-310 (2003); Lefranc, M.-P. et al., In Silico Biol., 5, 0006 (2004) [Epub], 5, 45-60 (2005); Lefranc, M.-P. et al., Nucleic Acids Res., 33, D593-D597 (2005) Full text; Lefranc, M.-P. et al., Nucleic Acids Research 2009 37: D1006-D1012; doi:10.1093/nar/gkn838 Full text.

IMGT founder and director: Marie-Paule Lefranc Marie-Paule.Lefranc@igh.cnrs.fr Bioinformatics manager: Véronique Giudicelli Veronique.Giudicelli@igh.cnrs.fr Computer manager: Patrice Duroux Patrice.Duroux@igh.cnrs.fr Webmaster: Chantal Ginestoux Chantal.Ginestoux@igh.cnrs.fr
Citing IMGT Warranty disclaimer and copyright notice Privacy policy and advertisement policy © Copyright 1995-2012 IMGT®, the international ImMunoGeneTics information system®