Laboratoire d'ImmunoGénétique Moléculaire
Montpellier (France)
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LIGM responsible scientists
Professeur Marie-Paule Lefranc
Senior member of the Institut Universitaire de France
Chair of Immunogenetics and Immunoinformatics
Professor Université Montpellier 2
IMGT founder and director:
IMGT, the international ImMunoGeneTics
information system®, http://www.imgt.org
Address:
IMGT, Laboratoire d'ImmunoGénétique Moléculaire, LIGM
Institut de Génétique Humaine, IGH, UPR CNRS 1142
141 rue de la Cardonille
34396 MONTPELLIER Cedex 5 (France)
Tel: +33 (0)4 99 61 99 65
Fax: +33 (0)4 99 61 99 01
E-mail: Marie-Paule.Lefranc@igh.cnrs.fr
Curriculum Vitae (Summary)
Curriculum Vitae (in French)
Teaching and education responsabilities
Professeur Gérard Lefranc
Professor Université Montpellier 2
Group leader 'Consanguinity and rare autosomal diseases'
IMGT expert:
IMGT, the international ImMunoGeneTics
information system®, http://www.imgt.org
Address:
IMGT, Laboratoire d'ImmunoGénétique Moléculaire, LIGM
Institut de Génétique Humaine, IGH, UPR CNRS 1142
Université Montpellier 2, CC091
Place Eugène Bataillon
34095 MONTPELLIER Cedex 5 (France)
Tel: +33 (0)4 67 14 33 47
Fax: +33 (0)4 67 14 37 79
E-mail: glefranc@univ-montp2.fr
Curriculum Vitae (in French)
Rammal award 2006
LIGM background
The Laboratoire d'ImmunoGénétique Moléculaire (LIGM) (Prof. Marie-Paule Lefranc and Prof. Gérard Lefranc), Université Montpellier 2, UPR CNRS 1142, IGH, has been involved for 25 years in the genetics, structure, polymorphism and function of the immunoglobulins and T cell receptors.
The scientific contribution of LIGM is shown by more than 300 publications in international journals, 400 communications, more than 200 invitations to congresses and seminars, the isolation of 40 genomic probes. These probes, released by ATCC (American Type Culture Collection), JCRB (Japanese Cancer Research Resources Bank) and ICRF (Imperial Cancer Research Fund, Human Genetic Resource Centre), are used by many laboratories abroad, for fundamental research and clinical applications. Some of these probes are powerful tools in the characterisation of the B and T cells, the analysis of clonality in leukemias and lymphomas, and the therapeutics follow up (residual diseases). 134 genomic sequences have been sent to the EMBL/GenBank databases.
In 1989, LIGM started IMGT/LIGM-DB the first specialised and integrated database on immunoglobulins and T cell receptors. Since May 2000 and owing to the considerable expansion and success of IMGT, the international ImMunoGeneTics information system®, the LIGM scientific activity has been mainly devoted to the IMGT research and development.
LIGM areas
- Genetics, structure, polymorphism, function and dysregulation of the Immunoglobulins and T cell receptors.
- Antibody engineering, expression of scFv (single chain Fv) and Fab antibody fragments, at the surface of filamentous phages, combinatorial libraries.
- Humanisation of monoclonal antibodies by construction of chimeric antibodies or reshaping of hypervariable regions. Expression of chimeric and humanised antibodies in insect cells using baculovirus vectors (in collaboration with Protéine Performance) ("ADER" Prize, 1994).
- Intracellular targeting of antibody fragments. Intracellular immunisation.
- Since 1989: immunoinformatics, bioinformatics in the field of immunogenetics, development of IMGT/LIGM-DB (created in 1989, on the Web in 1995), and of the IMGT information system (implementation of new databases and tools).
- Current main project: IMGT, the international ImMunoGeneTics information system® (http://www.imgt.org).
LIGM contribution to IMGT
- IMGT coordination
- Implementation and development of IMGT/LIGM-DB
- Setting up of IMGT-ONTOLOGY and IMGT Scientific chart
- Standardised description of IMGT/LIGM-DB data
- Development of a WWW interface for authors direct submission of IMGT annotation in collaboration with EMBL-EBI
- Development of LIGMotif and BIOMOTIF tools in collaboration with Gérard Mennessier (menes@lpm.univ-montp2.fr)
- Development of the IMGT/Colliers de Perles tool
- Design of automatic validation tools for IMGT/LIGM-DB data annotation and submission
- Annotation of immunoglobulin (IG) and T cell receptor (TR) genes from all vertebrate species
- Implementation of IMGT Repertoire
- Implementation of IMGT/GENE-DB
- Integration of genetics and mapping data in IMGT
- Implementation of IMGT/GeneSearch, IMGT/GeneView and IMGT/LocusView
- Integration of structural data in IMGT
- Implementation of IMGT/3Dstructure-DB
- Implementation of IMGT/PRIMER-DB in collaboration with EUROGENTEC
- Development of IMGT tools (IMGT/V-QUEST, IMGT/JunctionAnalysis, IMGT/Phylogene, IMGT/Allele-Align)
LIGM activity reports
- LIGM Rapport d'activité 2002-2005 (in French)
- LIGM Rapport d'activité 2005-2007 (in French)
- LIGM in January 2008
LIGM theses
IMGT theses are in bold.
| LANE Jérôme |
Analyse et conception au sein d'IMGT® d'une approche bioinformatique intégrée pour l'identification
et la description des gènes d'immunoglobulines et de récepteurs T de locus génomiques de grandes tailles
Supervision: LEFRANC Marie-Paule and DUROUX Patrice Director: LEFRANC Marie-Paule 14 Décembre 2009, Université MONTPELLIER 2 Actual position: PostDoc |
|---|---|
| BROCHET Xavier |
Conception et intégration d'un système d'information dédié à l'analyse et à la gestion
des séquences réarrangées des récepteurs
d'antigènes au sein d'IMGT® : application à la Leucémie Lymphoïde Chronique
Supervision: LEFRANC Marie-Paule and GIUDICELLI Véronique Director: LEFRANC Marie-Paule DOCTORAT: Mention très honorable 18 Décembre 2008, Université MONTPELLIER 1 Actual position: PostDoc |
| DUPRAT Elodie |
Caractérisation des domaines des superfamilles IgSF et MhcSF et classification
fonctionnelle dans IMGT
Supervision: LEFRANC Marie-Paule and GASCUEL Olivier Director: LEFRANC Marie-Paule DOCTORAT: Mention très honorable 13 Décembre 2005, Université MONTPELLIER 2 Actual position: Maître de conférence Université Paris VII |
| KAAS Quentin |
Analyse structurale des récepteurs d'antigènes dans IMGT et
modélisation moléculaire
Supervision : LEFRANC Marie-Paule and CHICHE Laurent Director: LEFRANC Marie-Paule DOCTORAT : Mention très honorable 12 Décembre 2005, Université MONTPELLIER 2 Actual position: PostDoc |
| ELEMENTO Olivier |
Phylogénie de familles multigéniques: Immunoglobulines et récepteurs T dans IMGT Supervision and Director: LEFRANC Marie-Paule DOCTORAT : Mention très honorable 2 Décembre 2002, Université MONTPELLIER 2 Actual position: Assistant Professor, Weill Cornell Medical College, USA |
| MEDLEJ Myrna |
Génétique Moléculaire et physiopathologie de la Fièvre Méditerranéenne Familiale
au Liban et en Jordanie Director: LEFRANC Gérard DOCTORAT : Mention très honorable 28 Septembre 2002, Université MONTPELLIER 2 |
| RUIZ Manuel |
Analyse bioinformatique standardisée IMGT des relations séquence-structure des immunoglobulines et récepteurs T Supervision and Director: LEFRANC Marie-Paule DOCTORAT : Mention très honorable 30 Novembre 2001, Université MONTPELLIER 2 Actual position: Engineer with the CIRAD, Montpellier |
| MAILLARD Jean-Charles |
Immunogénétique moléculaire de la sensibilité et de la résistance à la dermatophilose bovine : une approche fonctionnelle gènes candidats Supervision and Director: LEFRANC Gérard DOCTORAT : Mention très honorable 20 Novembre 2001, Université MONTPELLIER 2 Actual position: Researcher with the CIRAD, Montpellier |
| GIUDICELLI BERNARD Véronique |
Conception d'une ontologie en immunogénétique et développement
d'un module de cohérence pour le contrôle de qualité de IMGT/LIGM-DB Supervision and Director: LEFRANC Marie-Paule DOCTORAT : Mention très honorable 11 Décembre 1998, Université MONTPELLIER 2 Actual position: Bioinformatics manager of IMGT |
LIGM staff
| Organigramme (2010) | ||
|---|---|---|
| LEFRANC Marie-Paule | PRCE2 Université Montpellier 2, UFR Sciences | IMGT founder and director |
| LEFRANC Gérard | Chercheur Emérite, Professeur Université Montpellier 2, UFR Sciences | IMGT expert, LIGM group leader |
| ALAMYAR Eltaf | Ingénieur d'Etude (CDD CNRS) | Informatics |
| BELLAHCENE Fatena | Ingénieur d'Etude (CDD CNRS) | IMGT curator |
| DUROUX Patrice | Ingénieur de Recherche CNRS | Computer manager |
| EHRENMANN François | Ingénieur d'Etude (CDD CNRS) | PhD student |
| FOLCH-GENIES Géraldine | Ingénieur d'Etude (CDD CNRS) | IMGT curator |
| GINESTOUX-BUSIN Chantal | Technicien CNRS | Webmaster |
| GIUDICELLI Véronique | Ingénieur d'Etude Université Montpellier 2 | Bioinformatics manager |
| JOUFFRE Nelly | Ingénieur d'Etude (CDD CNRS) | Informatics |
| LACAN Amandine | Ingénieur d'Etude (CDD CNRS) | IMGT curator |
| LANE Jérôme | Thèse (CDD Auxiliaire) | PhD student |
| LE ROY Christophe | Ingénieur d'Etude (CDD CNRS) | IMGT curator |
| MICHALOUD-JABADO Joumana | Ingénieur d'Etude CNRS | IMGT/LIGM-DB annotations, expert of IMGT Repertoire |
| POIRON Claire | Ingénieur d'Etude (CDD CNRS) | Bioinformatics |
| REGNIER Laëtitia | Ingénieur d'Etude (CDD CNRS) | Bioinformatics, Head of Quality Management |
| SALJOQI Mansour | Ingénieur d'Etude (CDD Université Montpellier 2) | Bioinformatics |
| SCHUMENG Marie | Ingénieur d'Etude (CDD CNRS) | Quality Engineer |
| Students and visitors (2010) | ||
| ZNASSI Nadia | Master Intégration de compétences spécialité bio-informatique (Université Montpellier 2) | |
Editors: Valérie Thouvenin-Contet, Chantal Ginestoux
Contact: Marie-Paule Lefranc
Software material and data coming from IMGT server may be used for academic research only,
provided that it is referred to IMGT®, and cited as "IMGT®, the international ImMunoGeneTics
information system® http://www.imgt.org
(founder and director: Marie-Paule Lefranc, Montpellier, France)."
References to cite:
Lefranc, M.-P. et al.,
Nucleic Acids Research, 27, 209-212 (1999)
Cover of NAR;
Ruiz, M. et al.,
Nucleic Acids Research, 28, 219-221 (2000);
Lefranc, M.-P.,
Nucleic Acids Research, 29, 207-209 (2001);
Lefranc, M.-P.,
Nucleic Acids Res., 31, 307-310 (2003);
Lefranc, M.-P. et al.,
In Silico Biol., 5, 0006 (2004) [Epub],
5, 45-60 (2005);
Lefranc, M.-P. et al.,
Nucleic Acids Res., 33, D593-D597 (2005)
Full text;
Lefranc, M.-P. et al.,
Nucleic Acids Research 2009 37: D1006-D1012; doi:10.1093/nar/gkn838
Full text.
For any other use please contact Marie-Paule Lefranc
Marie-Paule.Lefranc@igh.cnrs.fr.
IMGT founder and director: Marie-Paule Lefranc
Marie-Paule.Lefranc@igh.cnrs.fr
Bioinformatics manager: Véronique Giudicelli
Veronique.Giudicelli@igh.cnrs.fr
Computer manager: Patrice Duroux
Patrice.Duroux@igh.cnrs.fr
Webmaster: Chantal Ginestoux
Chantal.Ginestoux@igh.cnrs.fr
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