IMGT Web resources: IMGT repertoire Alignment of alleles: Horned shark (Heterodontus francisci) IGHD (overview)

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                Direct 5'- 3' orientation                        Inverted orientation
X13447  ,IGHD1*01          
 G  T  A  V  G 
  V  Q  Q  W  
   Y  S  S  G 
GGTACAGCAGTGGGT
 T  H  C  C  T 
  P  T  A  V  
   P  L  L  Y 
ACCCACTGCTGTACC
X13447  ,IGHD2*01
 I  S  G  W 
  Y  L  G  
   I  W  V 
ATATCTGGGTGG
 P  P  R  Y 
  H  P  D  
   T  Q  I 
CCACCCAGATAT
X13449  ,IGHD3*01 ~VDJ
 A  G  T  A  V  R  T  S  I 
  P  V  Q  Q  C  V  Q  A  
   R  Y  S  S  A  Y  K  H 
GCCGGTACAGCAGTGCGTACAAGCATT             
 N  A  C  T  H  C  C  T  G 
  M  L  V  R  T  A  V  P  
   C  L  Y  A  L  L  Y  R 
AATGCTTGTACGCACTGCTGTACCGGC
Z11777  ,IGHD4*01
 G  T  A  V  G 
  V  Q  R  W  
   Y  S  G  G 
GGTACAGCGGTGGGT
 T  H  R  C  T 
  P  T  A  V  
   P  P  L  Y 
ACCCACCGCTGTACC
Z11777  ,IGHD5*01
 I  Y  W  M  
  Y  T  G  W 
   I  L  D 
ATATACTGGATGG
 P  S  S  I  
  H  P  V  Y 
   I  Q  Y 
CCATCCAGTATAT
Z11778  ,IGHD6*01
 G  T  A  V  G 
  V  Q  Q  W  
   Y  S  S  G 
GGTACAGCAGTGGGT
 T  H  C  C  T 
  P  T  A  V  
   P  L  L  Y 
ACCCACTGCTGTACC
Z11779  ,IGHD7*01
 I  Y  W  M  
  Y  T  G  W 
   I  L  D 
ATATACTGGATGG
 P  S  S  I  
  H  P  V  Y 
   I  Q  Y 
CCATCCAGTATAT
Z11776  ,IGHD8*01
 G  T  T  V  G   
  V  L  Q  W  V  
   Y  Y  S  G  Y 
GGTACTACAGTGGGTAT
 I  P  T  V  V   
  Y  P  L  *  Y  
   T  H  C  S  T 
ATACCCACTGTAGTACC
Z11776  ,IGHD9*01
 L  Y  W  V  
  Y  T  G  W 
   I  L  G 
TTATACTGGGTGG
 P  P  S  I  
  H  P  V  * 
   T  Q  Y 
CCACCCAGTATAA
X13448  ,IGHD10*01 ~VD
 N  I  T  T  L  G  T 
  T  L  L  H  W  V  
   H  Y  Y  I  G  Y 
AACATTACTACATTGGGTACA
 C  T  Q  C  S  N  V 
  V  P  N  V  V  M  
   Y  P  M  *  *  C 
TGTACCCAATGTAGTAATGTT
X15171  ,IGHD11*01
 G  T  A  V  G 
  V  Q  Q  W  
   Y  S  S  G 
GGTACAGCAGTGGGT
 T  H  C  C  T 
  P  T  A  V  
   P  L  L  Y 
ACCCACTGCTGTACC
X15174  ,IGHD12*01
 I  Y  W  M  
  Y  T  G  W 
   I  L  D 
ATATACTGGATGG
 P  S  S  I  
  H  P  V  Y 
   I  Q  Y 
CCATCCAGTATAT
Z11781  ,IGHD13*01 #c
 R  A  R  T  P  Y  W  
  G  R  V  H  R  T  G 
   G  A  Y  T  V  L 
CGGGCGCGTACACCGTACTGGG
 P  S  T  V  Y  A  P  
  P  V  R  C  T  R  P 
   Q  Y  G  V  R  A 
CCCAGTACGGTGTACGCGCCCG
Z11782  ,IGHD14*01 #c
 K  Y  S  G  G  I  Q  Q 
  S  T  A  A  G  Y  N  
   V  Q  R  R  D  T  T 
AAGTACAGCGGCGGGATACAACAA
 L  L  Y  P  A  A  V  L 
  C  C  I  P  P  L  Y  
   V  V  S  R  R  C  T 
TTGTTGTATCCCGCCGCTGTACTT
Z11783  ,IGHD15*01 #c
 W  C  G  P   
  G  A  D  R  
   V  R  T  D 
TGGTGCGGACCGAT
 I  G  P  H   
  S  V  R  T  
   R  S  A  P 
ATCGGTCCGCACCA
Z11784  ,IGHD16*01 #c
 W  G  D  G  Q  Y  W  
  G  A  M  D  N  T  G 
   G  R  W  T  I  L 
TGGGGCGATGGACAATACTGGA
 S  S  I  V  H  R  P  
  P  V  L  S  I  A  P 
   Q  Y  C  P  S  P 
TCCAGTATTGTCCATCGCCCCA
Z11785  ,IGHD17*01 #c
 G  G  G  S  G  
  A  V  G  L  G 
   R  W  V  W 
GGCGGTGGGTCTGGGA
 S  Q  T  H  R  
  P  R  P  T  A 
   P  D  P  P 
TCCCAGACCCACCGCC
Z11786  ,IGHD18*01 #c
 S  T  A  V  H  I   
  V  Q  R  S  I  S  
   Y  S  G  P  Y  R 
AGTACAGCGGTCCATATCGG
 P  I  W  T  A  V   
  R  Y  G  P  L  Y  
   D  M  D  R  C  T 
CCGATATGGACCGCTGTACT
Z11787  ,IGHD19*01 #c
 R  A  T  A  G  L  D   
  G  Q  Q  Q  G  W  M  
   G  N  S  R  A  G  W 
CGGGCAACAGCAGGGCTGGATGG
 P  S  S  P  A  V  A   
  H  P  A  L  L  L  P  
   I  Q  P  C  C  C  P 
CCATCCAGCCCTGCTGTTGCCCG
Z11788  ,IGHD20*01 #c
 W  Y  S  R   
  G  T  A  D  
   V  Q  Q  I 
TGGTACAGCAGATT
 N  L  L  Y   
  I  C  C  T  
   S  A  V  P 
AATCTGCTGTACCA
Z11789  ,IGHD21*01 #c
 E  D  S  G  G  N  W  G 
  R  T  A  V  G  T  G  
   G  Q  R  W  E  L  G 
GAGGACAGCGGTGGGAACTGGGGG
 P  P  V  P  T  A  V  L 
  P  Q  F  P  P  L  S  
   P  S  S  H  R  C  P 
CCCCCAGTTCCCACCGCTGTCCTC
Z11791  ,IGHD22*01 #c
 E  I  R  Y  Y  D  G  Y  G   
  K  Y  G  T  M  M  D  M  G  
   N  T  V  L  *  W  I  W  G 
GAAATACGGTACTATGATGGATATGGGGC
 A  P  Y  P  S  *  Y  R  I   
  P  H  I  H  H  S  T  V  F  
   P  I  S  I  I  V  P  Y  F 
GCCCCATATCCATCATAGTACCGTATTTC
Z11792  ,IGHD23*01 #c
 G  T  V  G  I  S  P  G  G  
  V  Q  W  V  Y  L  R  V  A 
   Y  S  G  Y  I  S  G  W 
GGTACAGTGGGTATATCTCCGGGTGGCG
 R  H  P  E  I  Y  P  L  Y  
  A  T  R  R  Y  T  H  C  T 
   P  P  G  D  I  P  T  V 
CGCCACCCGGAGATATACCCACTGTACC
X03748  ,IGHD24*01 #c
 Q  R  N  Y 
  R  G  T  
   E  E  L 
CAGAGGAACTAC
 V  V  P  L 
  *  F  L  
   S  S  S 
GTAGTTCCTCTG
#c: rearranged cDNA
~VD:VD genomic DNA rearranged in the cassette.
~VDJ:VDJ genomic DNA rearranged in the cassette.


Created: Wednesday, 29-Jun-2011 17:05:40 CEST
Author: Dominique Scaviner
Contact: Marie-Paule Lefranc

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