"+" or "-" indicates if the gene sequences have been found (+) or not been found (-) rearranged (R), transcribed (T) and/or translated into protein (Pr). Arbitrarily that information is shown on the first line of each gene when the data have been confirmed by several studies.
Functionality is shown between parentheses, (F) and (P), when the accession
number refers to rearranged genomic DNA or cDNA and the corresponding germline
gene has not yet been isolated.
Functionality is shown between brackets, [F] and [P], when the accession number
refers to genomic DNA, but not known as being germline or rearranged.
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Several pairs of genes have high percentage of identity of their V-REGION, reaching 100% of identity for the functional IGLV1-62*01 and IGLV1-47*01 genes and for the pseudogenes IGLV5-49*01 and IGLV5-18*01, and reaching 99% of identity for the functional IGLV1-64*01 and IGLV1-17*01 genes and for the pseudogenes IGLV5-65*01 and IGLV5-49*01, IGLV9-66*01 and IGLV9-50*01. Arbitrarily these sequences are assigned to the gene with the smallest number.
IMGT subgroup | IMGT gene name | IMGT allele name | Fct | Chromosomal localization |
R | T | Pr | IMGT/LIGM-DB locus reference sequences | IMGT/LIGM-DB sequences from the literature | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Breed | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence (L-V-GENE-UNIT) |
Secondary accession numbers | Breed | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence (L-V-GENE-UNIT) |
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IGLV1 | IGLV1-16 | IGLV1-16*01 | P | (1) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 347868..348361 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV1-17 | IGLV1-17*01 | F | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 342703..343206 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV1-21 | IGLV1-21*01 | F | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 325288..325782 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV1-23 | IGLV1-23*01 | F | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 308850..309350 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV1-27 | IGLV1-27*01 | P | (2) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 283968..284468 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV1-30 | IGLV1-30*01 | F | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 269923..270421 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV1-31 | IGLV1-31*01 | P | (3) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 266771..267060 | (34) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV1-34 | IGLV1-34*01 | F | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 250393..250895 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV1-37 | IGLV1-37*01 | P | (4) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | complement(236059..236562) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV1-38 | IGLV1-38*01 | P | (5) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | complement(230922..231416) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV1-39 | IGLV1-39*01 | F | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | complement(227342..227845) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV1-42 | IGLV1-42*01 | P | (5) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | complement(218667..219163) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV1-44 | IGLV1-44*01 | F | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | complement(210064..210564) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV1-46 | IGLV1-46*01 | P | (6) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | complement(207144..207640) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV1-47 | IGLV1-47*01 | F | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | complement(203509..204011) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV1-53 | IGLV1-53*01 | F | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 181515..182016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV1-54 | IGLV1-54*01 | P | (7) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 176865..177359 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV1-57 | IGLV1-57*01 | F | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 166608..167106 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV1-59 | IGLV1-59*01 | F | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 159516..160019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV1-62 | IGLV1-62*01 | F | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 152181..152683 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV1-63 | IGLV1-63*01 | P | (8) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 148527..149032 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV1-64 | IGLV1-64*01 | F | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 143368..143871 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV1-69 | IGLV1-69*01 | F | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 122283..122786 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV1-70 | IGLV1-70*01 | P | (9) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 118974..119467 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV1-72 | IGLV1-72*01 | F | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 111980..112477 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV2 | IGLV2-10 | IGLV2-10*01 | F | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 495851..496358 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV2-11 | IGLV2-11*01 | F | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 472491..472999 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV2-12 | IGLV2-12*01 | P | (10) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 457612..458118 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV2-13 | IGLV2-13*01 | P | (10) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 450022..450529 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV2-14 | IGLV2-14*01 | P | (11) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 446515..447020 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV3 | IGLV3-1 | IGLV3-1*01 | P | (12) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 546618..547362 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV3-2 | IGLV3-2*01 | F | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 542524..543051 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV3-3 | IGLV3-3*01 | F | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 537751..538296 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV3-4 | IGLV3-4*01 | F | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 529387..529915 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV3-6 | IGLV3-6*01 | P | (13) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 522400..522687 | (34) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV3-7 | IGLV3-7*01 | F | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 516414..516951 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV3-8 | IGLV3-8*01 | F | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 511595..512132 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV3-9 | IGLV3-9*01 | P | (14) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 504453..504980 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV4 | IGLV4-5 | IGLV4-5*01 | P | (15) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 525566..526089 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV5 | IGLV5-18 | IGLV5-18*01 | P | (16) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 339699..340795 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV5-22 | IGLV5-22*01 | P | (17) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 320298..321740 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV5-25 | IGLV5-25*01 | P | (18) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 299941..300450 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV5-43 | IGLV5-43*01 | P | (17) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | complement(214032..215495) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV5-49 | IGLV5-49*01 | P | (19) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 199621..>199750 | (34) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV5-55 | IGLV5-55*01 | P | (20) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 170704..171233 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV5-58 | IGLV5-58*01 | P | (21) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 164346..164858 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV5-60 | IGLV5-60*01 | P | (22) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 155436..155967 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV5-65 | IGLV5-65*01 | P | (23) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 140412..141499 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV5-71 | IGLV5-71*01 | F | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 114753..115283 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV5-73 | IGLV5-73*01 | P | (20) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 107078..107602 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV8 | IGLV8-24 | IGLV8-24*01 | P | (2) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 305593..306078 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV8-28 | IGLV8-28*01 | P | (24) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 276085..276576 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV8-32 | IGLV8-32*01 | P | (25) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 264495..264974 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV8-33 | IGLV8-33*01 | P | (26) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 256813..257304 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV8-36 | IGLV8-36*01 | P | (27) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 236982..237475 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV8-41 | IGLV8-41*01 | P | (2) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | complement(221915..222400) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV8-51 | IGLV8-51*01 | F | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 187674..188167 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV8-67 | IGLV8-67*01 | P | (28) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 129060..129552 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV9 | IGLV9-19 | IGLV9-19*01 | P | (29) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 337794..338311 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV9-35 | IGLV9-35*01 | P | (30) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 246210..246727 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV9-50 | IGLV9-50*01 | P | (31) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 196991..197494 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV9-66 | IGLV9-66*01 | P | (32) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 138525..139027 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV(I) | IGLV(I)-15 | IGLV(I)-15*01 | P | (33) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | 442134..442315 | (34) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV(I)-26 | IGLV(I)-26*01 | P | (33) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | <285387..>285627 | (34) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV(I)-48 | IGLV(I)-48*01 | P | (33) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | complement(<202442..>202667) | (34) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV(I)-56 | IGLV(I)-56*01 | P | (33) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | <168188..>168319 | (34) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV(I)-61 | IGLV(I)-61*01 | P | (33) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | <153524..>153748 | (34) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV(IV) | IGLV(IV)-20 | IGLV(IV)-20*01 | P | (33) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | <327870..328106 | (34) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV(IV)-29 | IGLV(IV)-29*01 | P | (33) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | <270977..271221 | (34) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV(IV)-40 | IGLV(IV)-40*01 | P | (33) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | complement(226544..>226788) | (34) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV(IV)-45 | IGLV(IV)-45*01 | P | (33) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | complement(207819..>208072) | (34) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV(IV)-52 | IGLV(IV)-52*01 | P | (33) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | <182568..182812 | (34) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IGLV(IV)-68 | IGLV(IV)-68*01 | P | (33) | 17 | San Clemente | CM004578.1 | IMGT000033 | [1] | MAP | <124889..125133 | (34) |
MAP: Mapped reference sequences.