"+" or "-" indicates if the gene sequences have been found (+) or not been found (-) rearranged (R), transcribed (T) and/or translated into protein (Pr). Arbitrarily that information is shown on the first line of each gene when the data have been confirmed by several studies.
Functionality is shown between parentheses, (F) and (P), when the accession
number refers to rearranged genomic DNA or cDNA and the corresponding germline
gene has not yet been isolated.
Functionality is shown between brackets, [F] and [P], when the accession number
refers to genomic DNA, but not known as being germline or rearranged.
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IMGT subgroup | IMGT gene name | IMGT allele name | Fct | Chromosomal localization |
R | T | Pr | IMGT/LIGM-DB locus reference sequences | IMGT/LIGM-DB sequences from the literature | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Isolate | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence (J-GENE-UNIT) |
Secondary accession numbers | Isolate | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence (J-GENE-UNIT) |
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TRAJ2 | TRAJ2 | TRAJ2*01 | P | (1) | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1745588..1745681 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ3 | TRAJ3 | TRAJ3*01 | ORF | (2) | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1745055..1745144 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ4 | TRAJ4 | TRAJ4*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1744124..1744214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ5 | TRAJ5 | TRAJ5*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1740723..1740810 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ6 | TRAJ6 | TRAJ6*01 | ORF | (3) | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1739728..1739817 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ7 | TRAJ7 | TRAJ7*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1738383..1738469 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ8 | TRAJ8 | TRAJ8*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1736810..1736897 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ9 | TRAJ9 | TRAJ9*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1736225..1736313 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ10 | TRAJ10 | TRAJ10*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1734638..1734727 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ11 | TRAJ11 | TRAJ11*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1733532..1733619 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ12 | TRAJ12 | TRAJ12*01 | ORF | (3) | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1732970..1733057 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ13 | TRAJ13 | TRAJ13*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1732131..1732221 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ14 | TRAJ14 | TRAJ14*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1731243..1731322 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ15 | TRAJ15 | TRAJ15*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1730471..1730558 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ16 | TRAJ16 | TRAJ16*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1729485..1729572 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ17 | TRAJ17 | TRAJ17*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1728125..1728215 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ18 | TRAJ18 | TRAJ18*01 | ORF | (3) | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1727007..1727100 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ19 | TRAJ19 | TRAJ19*01 | P | (4) | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1726624..1726706 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ20 | TRAJ20 | TRAJ20*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1725676..1725760 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ21 | TRAJ21 | TRAJ21*01 | ORF | (3) | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1724942..1725024 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ22 | TRAJ22 | TRAJ22*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1723392..1723482 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ23 | TRAJ23 | TRAJ23*01 | ORF | (3) | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1721970..1722059 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ24 | TRAJ24 | TRAJ24*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1721513..1721603 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ25 | TRAJ25 | TRAJ25*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1720656..1720743 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ26 | TRAJ26 | TRAJ26*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1720290..1720377 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ27 | TRAJ27 | TRAJ27*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1718150..1718236 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ28 | TRAJ28 | TRAJ28*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1717501..1717594 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ29 | TRAJ29 | TRAJ29*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1716047..1716134 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ30 | TRAJ30 | TRAJ30*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1714969..1715055 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ31 | TRAJ31 | TRAJ31*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1713103..1713187 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ32 | TRAJ32 | TRAJ32*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1711522..1711615 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ33 | TRAJ33 | TRAJ33*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1710796..1710880 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ34 | TRAJ34 | TRAJ34*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1710108..1710193 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ35 | TRAJ35 | TRAJ35*01 | ORF | (9) | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1709105..1709195 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ36 | TRAJ36 | TRAJ36*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1707606..1707695 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ37 | TRAJ37 | TRAJ37*01 | ORF | (5) | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1706807..1706894 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ38 | TRAJ38 | TRAJ38*01 | ORF | (3) | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1705184..1705273 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ39 | TRAJ39 | TRAJ39*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1704555..1704645 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ40 | TRAJ40 | TRAJ40*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1702761..1702848 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ41 | TRAJ41 | TRAJ41*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1701054..1701142 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ42 | TRAJ42 | TRAJ42*01 | ORF | (5) | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1700514..1700605 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ43 | TRAJ43 | TRAJ43*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1699711..1699795 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ44 | TRAJ44 | TRAJ44*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1698644..1698734 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ45 | TRAJ45 | TRAJ45*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1697830..1697920 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ46 | TRAJ46 | TRAJ46*01 | P | (1) | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1697311..1697399 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ47 | TRAJ47 | TRAJ47*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1696768..1696852 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ48 | TRAJ48 | TRAJ48*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1694599..1694687 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ49 | TRAJ49 | TRAJ49*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1693840..1693923 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ50 | TRAJ50 | TRAJ50*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1692956..1693043 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ51 | TRAJ51 | TRAJ51*01 | ORF | (6) | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1691581..1691674 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ52 | TRAJ52 | TRAJ52*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1690638..1690734 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ53 | TRAJ53 | TRAJ53*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1687357..1687450 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ54 | TRAJ54 | TRAJ54*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1686691..1686777 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ56 | TRAJ56 | TRAJ56*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1683958..1684047 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ57 | TRAJ57 | TRAJ57*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1683269..1683358 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ58 | TRAJ58 | TRAJ58*01 | F | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1682081..1682171 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ59 | TRAJ59 | TRAJ59*01 | P | (7) | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1680956..1681042 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ60 | TRAJ60 | TRAJ60*01 | P | (7) | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1680710..1680794 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
TRAJ61 | TRAJ61 | TRAJ61*01 | ORF | (8) | MEF-2018 | RPGA01000024.1 | IMGT000071 | 1679703..1679790 | Provisional nomenclature (scaffolds only, no chromosome assembly). |