IMGT Repertoire (IG and TR)
Gene table: dog (Canis lupus familiaris) TRAJ
- Fct: FUNCTIONALITY
- F: Functional
- P: Pseudogene
- ORF: Open Reading Frame
- R: Rearranged
- T: Transcribed
- Pr: Translated into protein
"+" or "-" indicates if the gene sequences have been found (+) or not been found (-) rearranged (R), transcribed (T) and/or translated into protein (Pr). Arbitrarily that information is shown on the first line of each gene when the data have been confirmed by several studies.
Functionality is shown between parentheses, (F) and (P), when the accession
number refers to rearranged genomic DNA or cDNA and the corresponding germline
gene has not yet been isolated.
Functionality is shown between brackets, [F] and [P], when the accession number
refers to genomic DNA, but not known as being germline or rearranged.
Click on:
- IMGT gene name to get the corresponding IMGT/GENE-DB entry,
- IMGT allele name to see the corresponding Alignments of alleles,
- accession number to get the corresponding IMGT/LIGM-DB entry.
| IMGT gene name | IMGT allele name | Fct | Chromosomal localization |
R | T | Pr | IMGT/LIGM-DB locus reference sequences | IMGT/LIGM-DB sequences from the literature | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Breed | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence (J-GENE-UNIT) |
Secondary accession numbers | Breed | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence (J-GENE-UNIT) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ1 | TRAJ1*01 | P | (1) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 734935..735026 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ2 | TRAJ2*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 733761..733840 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ3 | TRAJ3*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 733218..733303 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ4 | TRAJ4*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 732243..732333 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ5 | TRAJ5*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 729402..729489 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ6 | TRAJ6*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 727996..728085 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ7 | TRAJ7*01 | ORF | (2) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 726262..726348 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ8 | TRAJ8*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 724689..724776 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ9 | TRAJ9*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 724106..724188 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ10 | TRAJ10*01 | ORF | (3) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 722193..722283 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ11 | TRAJ11*01 | ORF | (4) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 721186..721273 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ12 | TRAJ12*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 720608..720695 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ13 | TRAJ13*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 719767..719855 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ14 | TRAJ14*01 | P | (5) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 718566..718651 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ15 | TRAJ15*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 717818..717905 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ16 | TRAJ16*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 716669..716756 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ17 | TRAJ17*01 | P | (1) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 715280..715366 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ18 | TRAJ18*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 714143..714236 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ19 | TRAJ19*01 | ORF | (6) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 713752..713835 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ20 | TRAJ20*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 712772..712856 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ21 | TRAJ21*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 712041..712123 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ22 | TRAJ22*01 | ORF | (7) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 710283..710368 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ23 | TRAJ23*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 708653..708743 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ24 | TRAJ24*01 | ORF | (8) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 708218..708309 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ25 | TRAJ25*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 707357..707444 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ26 | TRAJ26*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 707019..707106 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ27 | TRAJ27*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 704856..704942 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ28 | TRAJ28*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 704213..704303 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ29 | TRAJ29*01 | P | (9) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 703168..703284 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ30 | TRAJ30*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 702128..702214 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ31 | TRAJ31*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 700112..700196 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ32 | TRAJ32*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 698585..698676 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ33 | TRAJ33*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 697830..697914 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ34 | TRAJ34*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 697135..697220 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ35 | TRAJ35*01 | ORF | (10) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 696204..696297 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ36 | TRAJ36*01 | P | (1) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 694680..694784 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ37 | TRAJ37*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 693908..693997 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ38 | TRAJ38*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 692391..692480 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ39 | TRAJ39*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 691745..691835 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ40 | TRAJ40*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 689632..689720 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ41 | TRAJ41*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 687591..687680 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ42 | TRAJ42*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 687081..687174 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ43 | TRAJ43*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 686253..686337 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ44 | TRAJ44*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 685158..685248 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ45 | TRAJ45*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 684046..684136 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ46 | TRAJ46*01 | ORF | (11) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 683533..683623 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ47 | TRAJ47*01 | P | (1) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 682945..683042 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ48 | TRAJ48*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 680957..681047 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ49 | TRAJ49*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 680151..680237 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ50 | TRAJ50*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 679313..679400 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ52 | TRAJ52*01 | ORF | (12) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 676925..677021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ53 | TRAJ53*01 | ORF | (13) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 673958..674044 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ54 | TRAJ54*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 673310..673402 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ56 | TRAJ56*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 670536..670625 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ57 | TRAJ57*01 | ORF | (14) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 669889..669979 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ58 | TRAJ58*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 668669..668759 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ59 | TRAJ59*01 | ORF | (15) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 667521..667608 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ60 | TRAJ60*01 | F | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 667278..667361 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ61 | TRAJ61*01 | P | (1) | 8 | Boxer | CM000008.3 | IMGT000004 | [1] | 666264..666361 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT notes:
- (1) Frameshift in J-REGION
- (2) Noncanonical J-HEPTAMER: cagagcg instead of cacagtg
- (3) Noncanonical J-HEPTAMER: cactatg instead of cactgtg
- (4) Noncanonical J-HEPTAMER: tctggtg instead of tgtggtg
- (5) In frame STOP-CODON in J-REGION
- (6) Noncanonical J-HEPTAMER: tctagtc instead of tatagtg, unexpected J-SPACER length (10 nt instead of 12 nt)
- (7) Non conserved consensus sequence, FGXG is replaced by FGXR, unexpected V-SPACER length (9 nt instead of 12 nt)
- (8) Non conserved consensus sequence, FGXG is replaced by SGXG, noncanonical DONOR-SPLICE: nga instead of ngt
- (9) Frameshift in J-REGION, non conserved consensus sequence, FGXG is replaced by FCXG
- (10) Non conserved consensus sequence, FGXG is replaced by FWXL
- (11) Non conserved consensus sequence, FGXG is replaced by FGXR, noncanonical J-HEPTAMER: aacggtg instead of catggtg
- (12) Noncanonical J-HEPTAMER: tgcggtg instead of tgtggtg
- (13) Noncanonical J-HEPTAMER: tgtagtg instead of tgcagtg
- (14) Non conserved consensus sequence, FGXG is replaced by FGXE
- (15) Non conserved consensus sequence, FGXG is replaced by SGXR
IMGT references:
- [1] Martin J. et al. Immunogenetics 2018 Apr;70(4):223-236 (2018) Sep 19. doi: 10.1007/s00251-017-1028-0. Epub 2017 Sep 19. PMID:28924718
More information:
See also (IMGT Scientific chart):
- Created:
- 07/06/2017
- Last updated:
- 22/09/2023
- Authors:
- Saida Hadi-Saljoqi
