IMGT Repertoire (IG and TR)
Gene table: rabbit (Oryctolagus cuniculus) TRAJ
- Fct: FUNCTIONALITY
- F: Functional
- P: Pseudogene
- ORF: Open Reading Frame
- R: Rearranged
- T: Transcribed
- Pr: Translated into protein
"+" or "-" indicates if the gene sequences have been found (+) or not been found (-) rearranged (R), transcribed (T) and/or translated into protein (Pr). Arbitrarily that information is shown on the first line of each gene when the data have been confirmed by several studies.
Functionality is shown between parentheses, (F) and (P), when the accession
number refers to rearranged genomic DNA or cDNA and the corresponding germline
gene has not yet been isolated.
Functionality is shown between brackets, [F] and [P], when the accession number
refers to genomic DNA, but not known as being germline or rearranged.
Click on:
- IMGT gene name to get the corresponding IMGT/GENE-DB entry,
- IMGT allele name to see the corresponding Alignments of alleles,
- accession number to get the corresponding IMGT/LIGM-DB entry.
| IMGT gene name | IMGT allele name | Fct | Chromosomal localization |
R | T | Pr | IMGT/LIGM-DB reference sequences | IMGT/LIGM-DB sequences from the literature | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Breed | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence (J-GENE-UNIT) |
Secondary accession numbers | Breed | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence (J-GENE-UNIT) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ1 | TRAJ1*01 | ORF | (1) | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 886166..886253 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ2 | TRAJ2*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 884867..884960 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ3 | TRAJ3*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 883185..883275 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ4 | TRAJ4*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 882226..882317 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ5 | TRAJ5*01 | ORF | (2) | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 879969..880055 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ6 | TRAJ6*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 878496..878583 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ7 | TRAJ7*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 877090..877176 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ8 | TRAJ8*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 874742..874829 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ9 | TRAJ9*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 873776..873865 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ10 | TRAJ10*01 | ORF | (2) | 17 | + | + | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 871913..872004 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ11 | TRAJ11*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 870865..870952 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ12 | TRAJ12*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 870294..870374 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ13 | TRAJ13*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 869449..869539 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ14 | TRAJ14*01 | ORF | (3) | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 868704..868783 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ15 | TRAJ15*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 868017..868104 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ16 | TRAJ16*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 866967..867055 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ17 | TRAJ17*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 865602..865690 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ18 | TRAJ18*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 864435..864528 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ19 | TRAJ19*01 | ORF | (4) | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 864059..864143 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ20 | TRAJ20*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 862678..862762 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ21 | TRAJ21*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 861851..861933 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ22 | TRAJ22*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 860341..860431 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ23 | TRAJ23*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 858789..858879 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ24 | TRAJ24*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 858370..858460 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ25 | TRAJ25*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 857575..857661 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ26 | TRAJ26*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 857204..857289 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ27 | TRAJ27*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 855164..855250 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ28 | TRAJ28*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 854501..854592 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ29 | TRAJ29*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 853548..853635 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ30 | TRAJ30*01 | ORF | (5) | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 852472..852558 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ31 | TRAJ31*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 850247..850331 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ32 | TRAJ32*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 848629..848722 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ33 | TRAJ33*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 847932..848016 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ34 | TRAJ34*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 847273..847358 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ35 | TRAJ35*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 846227..846317 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ36 | TRAJ36*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 844696..844784 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ37 | TRAJ37*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 843964..844053 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ38 | TRAJ38*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 842435..842524 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ39 | TRAJ39*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 841837..841927 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ40 | TRAJ40*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 839937..840025 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ41 | TRAJ41*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 838230..838316 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ42 | TRAJ42*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 837709..837802 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ43 | TRAJ43*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 836865..836949 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ44 | TRAJ44*01 | F | (6) | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 835783..835871 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ45 | TRAJ45*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 834898..834991 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ46 | TRAJ46*01 | P | (7) | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 834421..834482 | (10) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ47 | TRAJ47*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 833841..833925 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ48 | TRAJ48*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 831982..832072 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ49 | TRAJ49*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 831187..831273 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ50 | TRAJ50*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 830328..830412 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ51 | TRAJ51*01 | ORF | (8) | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 828964..829054 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ52 | TRAJ52*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 828012..828108 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ53 | TRAJ53*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 824882..824972 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ54 | TRAJ54*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 823849..823941 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ56 | TRAJ56*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 821132..821221 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ57 | TRAJ57*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 820527..820617 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ58 | TRAJ58*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 819401..819491 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ61 | TRAJ61*01 | ORF | (9) | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 817020..817107 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MAP: Mapped reference sequences.
IMGT notes:
- (1) noncanonical J-MOTIF: FGXC instead of FGXG
- (2) noncanonical J-MOTIF: LGXG instead of FGXG
- (3) noncanonical J-MOTIF: LEXG instead of FGXG
- (4) noncanonical J-NONAMER: gtgatttgg instead of ggtttttgt, noncanonical J-HEPTAMER: cctggcc instead of cacagtg
- (5) noncanonical J-HEPTAMER: aaaagtg instead of cacagtg
- (6) STOP-CODON at position 1 (first 5' codon of germline J-REGION) may disappear during rearrangements
- (7) no J-RS, frameshift in J-REGION: deletion of 1 nt
- (8) noncanonical J-MOTIF: FGXR instead of FGXG, noncanonical DONOR-SPLICE: ngc instead of ngt
- (9) noncanonical J-MOTIF: FGXK instead of FGXG, noncanonical DONOR-SPLICE: ngc instead of ngt
- (10) Positions of J-REGION
More information:
See also (IMGT Scientific chart):
- Created:
- 20/11/2018
- Last updated:
- 22/09/2023
- Authors:
- Perrine Pégorier
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