IMGT Repertoire (IG and TR)
Gene table: rabbit (Oryctolagus cuniculus) TRAV
- Fct: FUNCTIONALITY
- F: Functional
- P: Pseudogene
- ORF: Open Reading Frame
- R: Rearranged
- T: Transcribed
- Pr: Translated into protein
"+" or "-" indicates if the gene sequences have been found (+) or not been found (-) rearranged (R), transcribed (T) and/or translated into protein (Pr). Arbitrarily that information is shown on the first line of each gene when the data have been confirmed by several studies.
Functionality is shown between parentheses, (F) and (P), when the accession
number refers to rearranged genomic DNA or cDNA and the corresponding germline
gene has not yet been isolated.
Functionality is shown between brackets, [F] and [P], when the accession number
refers to genomic DNA, but not known as being germline or rearranged.
Click on:
- IMGT gene name to get the corresponding IMGT/GENE-DB entry,
- IMGT allele name to see the corresponding Alignments of alleles,
- accession number to get the corresponding IMGT/LIGM-DB entry.
| IMGT subgroup | IMGT gene name | IMGT allele name | Fct | Chromosomal localization |
R | T | Pr | IMGT/LIGM-DB reference sequences | IMGT/LIGM-DB sequences from the literature | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Breed | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence (L-V-GENE-UNIT) |
Secondary accession numbers | Breed | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence (L-V-GENE-UNIT) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV4 | TRAV4 | TRAV4*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 10001..10778 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV5 | TRAV5-1 | TRAV5-1*01 | P | (1) | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 28791..29316 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV5-2 | TRAV5-2*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 44654..45190 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV5-3 | TRAV5-3*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 59194..59731 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV5-4 | TRAV5-4*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 72095..72642 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV5-5 | TRAV5-5*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 114151..114687 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV5-6 | TRAV5-6*01 | P | (2) | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 130908..131451 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV5-7 | TRAV5-7*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 138747..139283 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV5-8 | TRAV5-8*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 143754..144287 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV5-9 | TRAV5-9*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 152951..153487 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV5-10 | TRAV5-10*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 165422..165964 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV8 | TRAV8-1 | TRAV8-1*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 213765..214263 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV8-2 | TRAV8-2*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 229374..229860 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV8-3 | TRAV8-3*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 277716..278205 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV8-4 | TRAV8-4*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 304631..305120 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV8-5 | TRAV8-5*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 451088..451596 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV9 | TRAV9-1 | TRAV9-1*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 222467..222977 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV9-2 | TRAV9-2*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 272440..272941 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV9-3 | TRAV9-3*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 297227..297725 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV9-4 | TRAV9-4*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 332554..333043 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV10 | TRAV10 | TRAV10*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 334804..335407 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV12 | TRAV12 | TRAV12*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 343784..344351 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV13 | TRAV13-1 | TRAV13-1*01 | P | (3) | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 251406..251930 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV13-2 | TRAV13-2*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 267066..267586 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV13-3 | TRAV13-3*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 290887..291407 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV13-4 | TRAV13-4*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 324083..324623 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV14 | TRAV14-1 | TRAV14-1*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 256523..257077 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV14-2 | TRAV14-2*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 326732..327283 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV16 | TRAV16 | TRAV16*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 353763..354241 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV17 | TRAV17 | TRAV17*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 364421..364948 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV18 | TRAV18 | TRAV18*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 369307..369808 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV19 | TRAV19 | TRAV19*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 373029..373593 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV20 | TRAV20 | TRAV20*01 | P | (4) | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 393491..394026 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV21 | TRAV21 | TRAV21*01 | P | (5) | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 398953..399505 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV23 | TRAV23 | TRAV23*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 420535..421090 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV24 | TRAV24 | TRAV24*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 442138..442665 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV26 | TRAV26 | TRAV26*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 524097..524866 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV27 | TRAV27 | TRAV27*01 | P | (6) | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 474689..475205 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV28 | TRAV28 | TRAV28*01 | P | (7) | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 482869..483374 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV29 | TRAV29 | TRAV29*01 | P | (8) | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 496159..496715 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV32 | TRAV32 | TRAV32*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 519841..520377 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV35 | TRAV35 | TRAV35*01 | P | (9) | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | <535588..535834 | (14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV36 | TRAV36 | TRAV36*01 | P | (10) | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 542622..543172 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV37 | TRAV37 | TRAV37*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 564850..565422 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV38 | TRAV38-1 | TRAV38-1*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 570508..571144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV38-2 | TRAV38-2*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 577503..578141 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV39 | TRAV39 | TRAV39*01 | F | 17 | + | (15) | + | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 595260..595793 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV41 | TRAV41 | TRAV41*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 625919..626482 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV42 | TRAV42 | TRAV42*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | TRAV45*01, CM000806.1 | (16) | IMGT000031 | MAP | 409423..409917 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV43 | TRAV43-1 | TRAV43-1*01 | ORF | (11) | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 23459..24011 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV43-2 | TRAV43-2*01 | ORF | (11) | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 243301..243839 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV43-3 | TRAV43-3*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 261435..261995 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV43-4 | TRAV43-4*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 282717..283296 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV43-5 | TRAV43-5*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 316425..316986 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV45 | TRAV45-1 | TRAV45-1*01 | P | (12) | 17 | Thorbecke inbred | TRAV44-1*01, CM000806.1 | (16) | IMGT000031 | MAP | 88363..88869 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV45-2 | TRAV45-2*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | TRAV44-2*01, CM000806.1 | (16) | IMGT000031 | MAP | 93266..93771 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV45-3 | TRAV45-3*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | TRAV44-3*01, CM000806.1 | (16) | IMGT000031 | MAP | 107192..107698 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV45-4 | TRAV45-4*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | TRAV44-4*01, CM000806.1 | (16) | IMGT000031 | MAP | 193078..193585 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV45-5 | TRAV45-5*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | TRAV44-5*01, CM000806.1 | (16) | IMGT000031 | MAP | 204928..205442 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV45-6 | TRAV45-6*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | TRAV44-6*01, CM000806.1 | (16) | IMGT000031 | MAP | 209398..209906 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV45-7 | TRAV45-7*01 | F | 17 | Thorbecke inbred | TRAV42*01, CM000806.1 | (16) | IMGT000031 | MAP | 382634..383118 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAV46 | TRAV46 | TRAV46*01 | F | (13) | 17 | Thorbecke inbred | CM000806.1 | IMGT000031 | MAP | 708750..709193 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MAP: Mapped reference sequences.
IMGT notes:
- (1) no INIT-CODON: Arg instead of Met
- (2) no INIT-CODON: Thr instead of Met
- (3) no INIT-CODON: Lys instead of Met
- (4) no INIT-CODON: Ser instead of Met, frameshifts in V-REGION: several insertions and deletions
- (5) frameshifts in V-REGION: several insertions and deletions
- (6) frameshift in V-REGION: deletion of 4 nt in FR3-IMGT
- (7) no INIT-CODON: Arg instead of Met, STOP-CODON in V-REGION: positions 6, 9 and 41
- (8) frameshifts in V-REGION: several insertions and deletions
- (9) no INIT-CODON: Ile instead of Met, frameshifts in V-REGION: several insertions and deletions
- (10) no INIT-CODON: Lys instead of Met, frameshifts in V-REGION: several insertions and deletions
- (11) noncanonical ACCEPTOR-SPLICE: ntgnn instead of nagnn
- (12) the splicing between the DONOR-SPLICE of L-PART1 and the ACCEPTOR-SPLICE of L-PART2 results into a STOP-CODON
- (13) no INIT-CODON: Thr instead of Met, frameshift in L-PART1, STOP-CODON in V-REGION: position 18
- (14) Positions of V-REGION
- (15) TRAV39*01 is rearranged to TRDJ2*01 in D38119.1 (V-REGION partial in 5', codons 1-25 (74 nt) missing)
- (16) Validation of the Oryctolagus cuniculus IMGT TRAV42 and TRAV45 subgroups led to the following IMGT gene and allele name changes: TRAV42*01 F [6.8.3] (previously TRAV45*01), TRAV45-1*01 P [7.7.3] (previously TRAV44-1*01), TRAV45-2*01 to TRAV45-6*01 all F (previously TRAV44-2*01 to TRAV44-6*01) and TRAV45-7*01 F [7.7.3] (previously TRAV42*01) (IMGT-NC, 05/02/20).
More information:
See also (IMGT Scientific chart):
- Created:
- 20/11/2018
- Last updated:
- 22/09/2023
- Authors:
- Perrine Pégorier
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