IMGT Education

Analyse des séquences
- Comparer la séquence d'une jonction V-J avec les extrémités des séquences des gènes V et J "germline" correspondants (voir IMGT Repertoire - Alignments of alleles).
  C'est le cas des gènes V et J des locus IGK, IGL, TRA et TRG.
  
  Exemple: la séquence réarrangée de numéro d'accès AB006843
  
  Lorque l'on lit les annotations IMGT (utilisation de IMGT/LIGM-DB), on remarque que cette séquence réarrangée de chaîne légère kappa est issue du réarrangement des gènes et allèles: IGKV2-28*01 [ou IGKV2D-28*01 (score identique)] et IGKJ2*01.
  
  Si l'on examine dans IMGT Repertoire > Alignments of alleles, les gènes V et J germline dont la séquence est issue, on observe:
  - des mutations somatiques (certains nucléotides diffèrent par rapport à la séquence germline)
  - des délétions à l'extrémité 3' du gène V et à l'extrémité 5' du gène J: délétion de 3 nucléotides TCC en 3' de l'allèle IGKV2-28*01 et délétion de 2 nucléotides TG en 5' de l'allèle IGKJ2*01.
  - ajout de nucléotides non codés dans la séquence germline: ajout d'un nucléotide C.
- Comparer la séquence d'une jonction V-D-J avec les extrémités des séquences des gènes V, D et J "germline" correspondants.
  C'est le cas des gènes V, D et J des locus IGH, TRB et TRD.
  
  Exemple: la séquence réarrangée de numéro d'accès AF052379
  
  Lorque l'on lit les annotations IMGT (utilisation de IMGT/LIGM-DB), on remarque que cette séquence réarrangée de chaîne lourde est issue du réarrangement des gènes et allèles: IGHV5-51*03, IGHD1-7*01 et IGHJ4*02.
  
  Si l'on examine dans IMGT Repertoire > Alignments of alleles, les gènes V, D et J germline dont la séquence est issue, on observe:
  - des mutations somatiques (certains nucléotides diffèrent par rapport à la séquence germline),
  - des délétions à l'extrémité 3' du gène V, de part et d'autre du gène D et à l'extrémité 5' du gène J: délétion de 2 nucléotides en 5' au niveau de l'allèle IGHD1-7*01, délétion de 4 nucléotides en 5' au niveau de l'allèle IGHJ4*02.
    Dans d'autres séquences, l'on peut aussi observer des délétions à l'extrémité 3' du gène V.
  - ajout de nucléotides non codés dans la séquence germline, régions de N-diversité, N1 et N2: insertion de 2 nucléotides CT (N1) entre V et D, et insertion de 5 nucléotides TCTCG (N2) entre D et J.
- Est-il facile de repérer le gène D ? Pourquoi ?
  Non, il n'est pas facile de repérer le gène D dans une jonction V-D-J. En effet, c'est un gène court (quelques dizaines de nucléotides seulement) qui subit des mutations somatiques ainsi que des délétions et des insertions de nucléotides (N-diversité) à ses extrémités 5' et 3'.
Recherche dans IMGT/LIGM-DB
- Recherche de séquences
  Exemple de requête :
  - human
  - productive
  - Ig
  - anti-TPO
  Exemple de résultats:
  
  268 séquences (à la date du 01/07/2003)
- Requête sur un label
  Exemple de requête: L-REGION
  
  Exemple de résultats:
  
  22 séquences (à la date du 01/07/2003)
- Examen d'un fichier à plat (flat file)
  
  ID: IDentification line
  AC: ACcession number line
  DT: DaTe line
  OS: Organism Species
  OC: Organism Classification
  DE: DEscription line
  KW: KeyWord lines
  FT: Feature Table lines
  R -: RN: Reference Number, RC: Reference Comment, RP: Reference Positions, RX: Reference Cross-reference, RA: Reference Author(s), RT: Reference Title, RL: Reference Location
  SQ: SeQuence header
Utilisation de IMGT/V-QUEST
- Noter par écrit le nom des gènes et des allèles V, D, et J :
  Exemple : la séquence de numéro d'accès M11954
  - TRBV20-1*03
  - TRBD2*02
  - TRBJ2-3*01
- Repérer la séquence nucléotidique de la jonction [du codon de la cystéine 104 (C) jusqu'à celui du tryptophane (W) ou de la phénylalanine (F) en position 118]. F ou W est repéré par le motif caractéristique du gène J : F/W-G-X-G.
  Au niveau d'IMGT/LIGM-DB, l'option "9 IMGT/V-QUEST analysis" permet d'obtenir la traduction de la JUNCTION comme suit :
```
Translation of the JUNCTION
             104                                             118
              C   S   A   K   L   V   G   T   D   T   Q   Y   F   G   P   G
M11954       TGC AGT GCT AAA CTA GTA GGT ACA GAT ACG CAG TAT TTT GGC CCA GGC
```
Utilisation de IMGT/Junction Analysis
- Consulter IMGT/JunctionAnalysis Documentation pour repérer comment présenter votre requête dans la fenêtre.
  Un exemple est décrit.
- Copier dans la fenêtre :
  - sur la première ligne, les informations demandées
    (remarque: il n'est pas nécessaire d'indiquer le D-GENE lorsqu'il y en a un)
    >M11954,TRBV20-1*03,TRBJ2-3*01
  - sur la ligne suivante, la séquence nucléotididique de la jonction (obtenue de IMGT/V-QUEST) (remarque: avec ou sans espaces)
```
TGC AGT GCT AAA CTA GTA GGT ACA GAT ACG CAG TAT TTT
```
- Analyse des résultats :
  
  Dans notre exemple:
  - nombre de nucléotides délétés en 3' du V, en 5' et 3' de D et en 5' du J
    - Pas de nucléotides délétés en 3' de la V-REGION,
    - 3 nucléotides sont délétés en 5' de la V-REGION,
    - 8 nucléotides sont délétés en 3' de la D-REGION,
    - 3 nucléotides sont délétés en 5' de la J-REGION.
  - contenu "gc" des régions N
    
    Ngc=2/6, cela signifie que parmi les 6 nucléotides ajoutés lors de la N-diversité, 2 sont des C ou G.
  - y-a-t-il des nucléotides P ?
    
    Oui, il s'agit d'une adénine (A) en 5' de la V-REGION.
  - longueur du CDR3-IMGT
    
    Le CDR3 a une longueur de 11 acides aminés.
    En effet, la Cys 104 (2nd-CYS) et le Trp/Phe 118 (J-TRP/J-PHE) ne sont pas inclus dans le CDR3-IMGT.
    Par contre, ils font partie de la jonction et en marquent les extrémités.

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Etude des jonctions V-J et V-D-J (Correction)

Etude des jonctions V-J et V-D-J
(Correction)