IMGT®, the international ImMunoGeneTics information system®

LIGM background

The Laboratoire d'ImmunoGénétique Moléculaire (LIGM) was created by Prof. Marie-Paule Lefranc and Prof. Gérard Lefranc, at Montpellier in March 1983 (Université de Montpellier and CNRS). The Professors Marie-Paule and Gérard Lefranc have been involved for 50 years in the genetics of rare diseases in congenital families (first in Lebanon at the University of Saint-Joseph at Beirut, then in Tunisia at the Faculté de Pharmacie et de Médecine Dentaire at Monastir that they contributed to create) and in the structure, polymorphism and function of the antigen receptors of the adaptive immune responses, the immunoglobulins (IG) or antibodies and T cell receptors (TR).

The scientific contribution of LIGM is shown by publications in international journals, communications, invitations to congresses and seminars, the isolation of 40 genomic probes. These probes, released by ATCC (American Type Culture Collection), JCRB (Japanese Cancer Research Resources Bank) and ICRF (Imperial Cancer Research Fund, Human Genetic Resource Centre), are used by many laboratories abroad, for fundamental research and clinical applications. Some of these probes are powerful tools in the characterisation of the B and T cells, the analysis of clonality in leukemias and lymphomas, and the therapeutics follow up (residual diseases). 134 genomic sequences have been sent to the EMBL/GenBank databases.

In 1989, LIGM started IMGT/LIGM-DB the first specialised and integrated database on immunoglobulins (IG) and T cell receptors (TR). Since May 2000 and owing to the considerable expansion and success of IMGT®, the international ImMunoGeneTics information system®, the LIGM scientific activity has been mainly devoted to the IMGT research and development.

LIGM areas

• Genetics, structure, polymorphism, function and dysregulation of the Immunoglobulins (IG) and T cell receptors (TR).
• Antibody engineering, expression of scFv (single chain Fv) and Fab antibody fragments, at the surface of filamentous phages, combinatorial libraries.
• Humanisation of monoclonal antibodies by construction of chimeric antibodies or reshaping of hypervariable regions. Expression of chimeric and humanised antibodies in insect cells using baculovirus vectors (in collaboration with Protéine Performance) ("ADER" Prize, 1994).
• Intracellular targeting of antibody fragments. Intracellular immunisation.
• Since 1989: immunoinformatics, bioinformatics in the field of immunogenetics, development of IMGT/LIGM-DB (created in 1989, on the Web in 1995), and of the IMGT information system (implementation of new databases and tools), based on IMGT-ONTOLOGY
• IG and TR nomenclature
  • Lefranc, M.-P. and Lefranc, G. The Immunoglobulin FactsBook Academic Press, London, UK (458 pages), 2001.
  • Lefranc, M.-P. and Lefranc, G. The T cell receptor FactsBook Academic Press, London, UK (398 pages), 2001.
  • Lefranc M-P. Immunoglobulin (IG) and T cell receptor genes (TR): IMGT® and the birth and rise of immunoinformatics.
    Front Immunol. 2014 Feb 05;5:22. doi: 10.3389/fimmu.2014.00022. Open access. PMID: 24600447
• Current main project: IMGT®, the international ImMunoGeneTics information system® (http://www.imgt.org).
  In 2017, 7 databases (sequences, genes, structures), 17 tools and more than 20,000 pages of Web resources.

LIGM founding of IMGT

IMGT®, the international ImMunoGeneTics information system®, the global reference in immunogenetics and immunoinformatics (http://www.imgt.org), was founded by LIGM (Prof. Marie-Paule Lefranc and Prof. Gérard Lefranc, University of Montpellier and CNRS, in 1989, in Montpellier (France).

IMGT® Founder Marie-Paule Lefranc, Director for 25 years (1989-2014) is Executive Director Emeritus since January 1, 2015.

• IMGT coordination
• Implementation and development of IMGT/LIGM-DB
• Setting up of IMGT-ONTOLOGY and IMGT Scientific chart
• Standardised description of IMGT/LIGM-DB data
• Development of a WWW interface for authors direct submission of IMGT annotation in collaboration with EMBL-EBI
• Development of LIGMotif and BIOMOTIF tools in collaboration with Gérard Mennessier
• Development of the IMGT/Colliers de Perles tool
• Design of automatic validation tools for IMGT/LIGM-DB data annotation and submission
• Annotation of immunoglobulin (IG) and T cell receptor (TR) genes from all vertebrate species
• Implementation of IMGT Repertoire
• Implementation of IMGT/GENE-DB
• Integration of genetics and mapping data in IMGT
• Implementation of IMGT/GeneSearch, IMGT/GeneView and IMGT/LocusView
• Integration of structural data in IMGT
• Implementation of IMGT/3Dstructure-DB
• Implementation of IMGT/PRIMER-DB in collaboration with EUROGENTEC
• Development of IMGT tools (IMGT/V-QUEST, IMGT/JunctionAnalysis, IMGT/Phylogene, IMGT/Allele-Align, IMGT/HighV-QUEST portal for NGS IG and TR, IMGT/StatClonotype)

LIGM activity reports

• LIGM Rapport d'activité 2002-2005 (in French)
• LIGM Scientific report 2005-2007 (in English)
• LIGM in January 2008
  • Research themes - 12 selected publications - Keywords - Main scientific collaborations - Affiliations
  • Thèmes de recherche - Sélection de 12 publications - Mots-clés - Principales collaborations scientifiques - Affiliations (in French)
• IMGT® 2003 (IMGT-Choreography)
• IMGT® 2004 (NAR 2005 figure)
• IMGT® 2007 (IMGT® databases and tools figure)
• IMGT® 2008 (IMGT® databases - ELIXIR survey 2008)
• IMGT® 2009 (Etude de cas du Ministère, in French, 53 pages, 16/11/09)
• IMGT® 2011 IGH Scientific report Aug 2011, p47-48
• IMGT® 2012 (IMGT® databases and tools figure)
• IMGT® 2012 IGH Scientific report Sept 1012, p47-48
• IMGT® 2012 Presentation at IGH days, Nov 2012 (diaporama)
• IMGT® 2013 IGH Scientific report Dec 2013, p49-50
• IMGT® 2014 IGH Scientific report Dec 2014, p45-46
• IMGT® 2015 IGH Department retreat Mèze
• IMGT® 2016 (IMGT® (in French, 12 pages) 27/01/16 - IFB web)
• 2016 (IMGT® (in English 7 pages) 11/10/16 _ IFB core resource)

LIGM theses

LANE Jérôme

33. Analyse et conception au sein d'IMGT® d'une approche bioinformatique intégrée pour l'identification et la description des gènes d'immunoglobulines et de récepteurs T de locus génomiques de grandes tailles
Supervisors: LEFRANC Marie-Paule and DUROUX Patrice
Thesis Director: LEFRANC Marie-Paule
DOCTORAT: 14 Décembre 2009, Université Montpellier 2

BROCHET Xavier

32. Conception et intégration d'un système d'information dédié à l'analyse et à la gestion des séquences réarrangées des récepteurs d'antigènes au sein d'IMGT® : application à la Leucémie Lymphoïde Chronique
Supervisors: LEFRANC Marie-Paule and GIUDICELLI Véronique
Thesis Director: LEFRANC Marie-Paule
DOCTORAT: Mention très honorable,18 Décembre 2008, Université Montpellier 1

BLEAKLEY Kevin

31. Quelques contributions à l'analyse statistique et à la classification des graphes et des courbes. Applications à l'immunobiologie et à la reconstruction des réseaux biologiques d'antigènes au sein d'IMGT® : application à la Leucémie Lymphoïde Chronique Supervisors: BIAU Gérard and LEFRANC Marie-Paule
Thesis Director: BIAU Gérard and LEFRANC Marie-Paule
DOCTORAT: 23 novembre 2007, Université MONTPELLIER 2

DUPRAT Elodie

30. Caractérisation des domaines des superfamilles IgSF et MhcSF et classification fonctionnelle dans IMGT
Supervisors: LEFRANC Marie-Paule and GASCUEL Olivier
Thesis Director: LEFRANC Marie-Paule
DOCTORAT: Mention très honorable, 13 Décembre 2005, Université Montpellier 2

KAAS Quentin

29. Analyse structurale des récepteurs d'antigènes dans IMGT et modélisation moléculaire
Supervisors: LEFRANC Marie-Paule and CHICHE Laurent
Thesis Director: LEFRANC Marie-Paule
DOCTORAT: Mention très honorable, 12 Décembre 2005, Université Montpellier 2

ELEMENTO Olivier

28. Phylogénie de familles multigéniques: Immunoglobulines et récepteurs T dans IMGT
Supervisors: LEFRANC Marie-Paule and Gascuel Olivier
Thesis Director: LEFRANC Marie-Paule
DOCTORAT : Mention très honorable, 2 Décembre 2002, Université Montpellier 2

MEDLEJ Myrna

27. Génétique Moléculaire et physiopathologie de la Fièvre Méditerranéenne Familiale au Liban et en Jordanie
Supervisor: LEFRANC Gérard
Thesis Director: LEFRANC Gérard
DOCTORAT : Mention très honorable, 28 Septembre 2002, Université Montpellier 2

RUIZ Manuel

26. Analyse bioinformatique standardisée IMGT des relations séquence-structure des immunoglobulines et récepteurs T
Supervisor: LEFRANC Marie-Paule
Thesis Director: LEFRANC Marie-Paule
DOCTORAT : Mention très honorable, 30 Novembre 2001, Université MONTPELLIER 2

MAILLARD Jean-Charles

25. Immunogénétique moléculaire de la sensibilité et de la résistance à la dermatophilose bovine : une approche fonctionnelle gènes candidats
Thesis Director: LEFRANC Gérard
DOCTORAT: Mention très honorable, 20 Novembre 2001, Université Montpellier 2

SOUA Zohra

24. Etude du phénotype et des réarrangements des gènes des immunoglobulines et desrécepteurs TcR beta, gamma et delta dans les Leucémies Aiguës Lymphoblastiques (LAL) et les Leucémies Lymphoïdes Chroniques (LLC) en Tunisie
Supervisors: LEFRANC Marie-Paule and LEFRANC Gérard
Thesis Director: LEFRANC Gérard
DOCTORAT: Mention Très Honorable, avec Félicitations du Jury, 4 juin 1999, Université de TUNIS II

SOURIAU Christelle

23. Recherche d'agonistes ou d'antagonistes de récepteurs par sélection de banques de phages filamenteux sur des cellules. Le modèle du récepteur de l'EGF.
Supervisors: WEILL Mylène and LEFRANC Marie-Paule
Thesis Director: LEFRANC Marie-Paule
DOCTORAT: Mention Très Honorable, avec Félicitations du Jury, 8 janvier 1999, Université MONTPELLIER II

GIUDICELLI-BERNARD
Véronique

22. Conception d'une ontologie en immunogénétique et développement d'un module de cohérence pour le contrôle de qualité de IMGT/LIGM-DB
Supervisor: LEFRANC Marie-Paule
Thesis Director: LEFRANC Marie-Paule
DOCTORAT : Mention très honorable, 11 Décembre 1998, Université Montpellier 2

MOUGENOT Isabelle

21. LIGM-DB un système de gestion intégré des séquences nucléiques des récepteurs d'antigènes et de leurs annotations
Supervisor: LIBOUREL Thérèse and LEFRANC Marie-Paule
Thesis Directors: BOKSENBAUM Claude and LEFRANC Marie-Paule
DOCTORAT : Mention très honorable, 13 décembre 1995, Université MONTPELLIER II

FRIPPIAT Jean-Pol

20. Carte génomique du locus lambda des chaines légères des immunoglobulines humaines : organisation, séquences et polymorphisme des gènes IGLV
Supervisors: LEFRANC Marie-Paule and LEFRANC Gérard
Thesis Director: LEFRANC Marie-Paule
DOCTORAT: Mention Très Honorable, avec Félicitations du Jury, label européen, 27 Novembre 1995, Université MONTPELLIER II

HUA The Duc

19. Recherche d'abzymes en vue de la synthèse peptidique à partir de banques combinatoires de fragments d'anticorps exprimés à la surface des phages
Supervisors: WEILL Mylène and LEFRANC Marie-Paule
Thesis Director: LAZARO René and LEFRANC Marie-Paule
DOCTORAT: Mention Très Honorable, avec Félicitations du Jury, 17 Novembre 1995, Université MONTPELLIER II

ZHANG Xiao-Min

18. Structure et expression de gènes du récepteur T gamma/delta
Supervisors: HUCK Sylvie and LEFRANC Marie-Paule
Thesis Director: LEFRANC Marie-Paule
DOCTORAT: Mention Très Honorable, 25 janvier 1995, Université MONTPELLIER II

POUL Marie-Alix

17. Ingénierie des anticorps. Humanisation d'un anticorps murin dirigé contre la sous-unité beta1 des intégrines et production dans différents systèmes d'expression à des fins thérapeutiques
Supervisors: LEFRANC Marie-Paule and LEFRANC Gérard
Thesis Director: LEFRANC Marie-Paule
DOCTORAT: Mention Très Honorable, avec Félicitations du Jury,
7 Novembre 1994, Université MONTPELLIER II

HELAL
Ahmed-Noureddine

16. Approches sérologique et moléculaire de polymorphismes habituel et exceptionnel des gènes IGCH des immunoglobulines humaines
Thesis Director: LEFRANC Gérard
DOCTORAT D'ÉTAT: 1994

ALEXANDRE Daniel

15. Réarrangements successifs et régulation transcriptionnelle du locus de la chaîne gamma du récepteur d'antigène des lymphocytes T humains
Supervisors: LEFRANC Marie-Paule and LEFRANC Gérard
Thesis Director: LEFRANC Marie-Paule
DOCTORAT: Mention Très Honorable, avec Félicitations du Jury, 15 Décembre 1993, Université MONTPELLIER II

BLANCHER Antoine

14. Étude de la polyréactivité et de l'autoréactivité des anticorps monoclonaux
Thesis Director: LEFRANC Marie-Paule
DOCTORAT D'ÉTAT: Biologie humaine, Mention Très Honorable, avec Félicitations du Jury, 25 Novembre 1991, Université TOULOUSE III

BEN SALEM Mourad

13. Recherche d'associations entre le diabète insulino dépendant et certains marqueurs immunogénétiques dans la population Tunisienne
Thesis Director: LEFRANC Gérard
DOCTORAT: 11 juin 1991

WEILL-BENSMANA
Mylène

12. Organisation et évolution des gènes des immunoglobulines et des récepteurs T gamma/delta humains
Supervisors: LEFRANC Marie-Paule and LEFRANC Gérard
Thesis Director: LEFRANC Marie-Paule
DOCTORAT: Mention Très Honorable, avec Félicitations du Jury, 30 Janvier 1991, Université MONTPELLIER II

ELIAOU Jean-François

11. Polymorphisme du système HLA de classe II dans la polyarthrite rhumatoïde
Thesis Director: LEFRANC Marie-Paule
DOCTORAT: Mention Très Honorable, avec Félicitations du Jury, 13 Novembre 1990, Université AIX-MARSEILLE II

JOURDAN Michel

10. Cytokines contrôlant la prolifération plasmocytaire dans le myélome multiple humain - Rôle de l'interleukine - 6
Thesis Director: LEFRANC Gérard
DOCTORAT: 1989, Université MONTPELLIER II

DARIAVACH
KHOSROWABADI Piona

9. Étude de quelques membres de la superfamille des immunoglobulines : gènes lambda des Ig, gamma et delta des récepteurs T et CTLA-4 chez l'homme
Supervisors: LEFRANC Marie-Paule and LEFRANC Gérard
Thesis Director: LEFRANC Marie-Paule
DOCTORAT: Mention Très Honorable, avec Félicitations du Jury, 20 Janvier 1989, Université MONTPELLIER II

KEYEUX BURAIN
VON DEDINA Genoveva

8. Étude moléculaire du locus IGH humain dans des cas de remaniements du chromosome 14 et de déficiences en immunoglobulines
Supervisors: LEFRANC Marie-Paule and LEFRANC Gérard
Thesis Director: LEFRANC Marie-Paule
DOCTORAT: Mention Très Honorable, avec Félicitations du Jury, 22 Décembre 1988, Université MONTPELLIER II

HUCK Sylvie

7. Évolution de gènes IGHG des immunoglobulines humaines et organisation du locus TRG du récepteur gamma-delta des lymphocytes T
Supervisors: LEFRANC Marie-Paule and LEFRANC Gérard
Thesis Director: LEFRANC Marie-Paule
DOCTORAT: Mention Très Honorable, avec Félicitations du Jury, 25 Juin 1988, Université MONTPELLIER II

BEN CHIBANI Jemni

6. Étude moléculaire des hémoglobinopathies en Tunisie
Faculté de Pharmacie et de Médecine Dentaire de MONASTIR (Tunisie)
Supervisor: LEFRANC Gérard
Thesis Director: LEFRANC Gérard
DOCTORAT D'ÉTAT: 20 Janvier 1988, Faculté des Sciences de Tunis

GHANEM Nada

5. Polymorphisme des gènes de classe III du complexe majeur d'histocompatibilité et des immunoglobulines. Intérêt en Immunogénétique humaine et en Génétique des populations
Supervisors: LEFRANC Marie-Paule and LEFRANC Gérard
Thesis Director: LEFRANC Marie-Paule
DOCTORAT D'ÉTAT: Mention Très Honorable, avec Félicitations du Jury, 12 Novembre 1987, Université MONTPELLIER II

CHAABANI Hassen

4. RFLP des gènes des immunoglobulines humaines dans la population Tunisienne
Faculté de Pharmacie et de Médecine Dentaire de MONASTIR (Tunisie)
Supervisor: LEFRANC Gérard
Thesis Director: LEFRANC Gérard
DOCTORAT: Novembre 1985

BEN CHIBANI Jemni

3. Polymorphisme de l'Haptoglobine, de la protèine de transport de la vitamine D, de la Transferrine et des fractions C3 du complément et B de la Properdine dans 2 échantillons (Berbères et non Berbères) de la population Tunisienne
Faculté de Pharmacie et de Médecine Dentaire de MONASTIR (Tunisie)
Supervisor: LEFRANC Gérard
Thesis Director: LEFRANC Gérard
DOCTORAT DE 3ème CYCLE: 19 février 1983

CHAABANI Hassen

2. Contribution à la connaissance séro-anthropologique de Tunisiens Berbères à l'aide du polymorphisme génétique des immunoglobulines et de l'alpha1-antitrypsine
Faculté de Pharmacie et de Médecine Dentaire de MONASTIR (Tunisie)
Supervisor: LEFRANC Gérard
Thesis Director: LEFRANC Gérard
DOCTORAT DE 3ème CYCLE: 20 Octobre 1982

HELAL
Ahmed-Noureddine

1. Polymorphisme des immunoglobulines du composant C3 du complément et du facteur B de la Properdine dans un échantillon de la population Tunisienne
Faculté de Pharmacie et de Médecine Dentaire de MONASTIR (Tunisie)
Supervisor: LEFRANC Gérard
Thesis Director: LEFRANC Gérard
DOCTORAT DE 3ème CYCLE: 20 février 1982