IMGT Repertoire (IG and TR)
Gene table: Western lowland gorilla (Gorilla gorilla gorilla) TRAJ
- Fct: FUNCTIONALITY
- F: Functional
- P: Pseudogene
- ORF: Open Reading Frame
- R: Rearranged
- T: Transcribed
- Pr: Translated into protein
"+" or "-" indicates if the gene sequences have been found (+) or not been found (-) rearranged (R), transcribed (T) and/or translated into protein (Pr). Arbitrarily that information is shown on the first line of each gene when the data have been confirmed by several studies.
Functionality is shown between parentheses, (F) and (P), when the accession
number refers to rearranged genomic DNA or cDNA and the corresponding germline
gene has not yet been isolated.
Functionality is shown between brackets, [F] and [P], when the accession number
refers to genomic DNA, but not known as being germline or rearranged.
Click on:
- IMGT gene name to get the corresponding IMGT/GENE-DB entry,
- IMGT allele name to see the corresponding Alignments of alleles,
- accession number to get the corresponding IMGT/LIGM-DB entry.
| IMGT gene name | IMGT allele name | Fct | Chromosomal localization |
R | T | Pr | IMGT/LIGM-DB locus reference sequences | IMGT/LIGM-DB sequences from the literature | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Isolate | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence (J-GENE-UNIT) |
Secondary accession numbers | Isolate | Clone names | Accession numbers | Positions in the sequence (J-GENE-UNIT) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ61 | TRAJ61*01 | ORF | (1) | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 873108..873195 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 889998..890085 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ60 | TRAJ60*01 | P | (2) | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 874097..874180 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 890987..891070 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ59 | TRAJ59*01 | ORF | (3) | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 874334..874430 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 891224..891320 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ58 | TRAJ58*01 | F | (11) | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 875495..875584 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 892385..892475 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ57 | TRAJ57*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 876660..876750 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 893550..893640 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ56 | TRAJ56*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 877307..877395 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 894197..894286 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ55 | TRAJ55*01 | P | (2) | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 879483..879567 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 896374..896458 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ54 | TRAJ54*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 880073..880159 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 896964..897050 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ53 | TRAJ53*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 880789..880881 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 897680..897773 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ52 | TRAJ52*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 884010..884106 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 900902..900999 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ51 | TRAJ51*01 | P | (5) | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 884966..885056 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ51*02 | P | (5) | 14 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 901843..901933 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ50 | TRAJ50*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 886376..886463 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ50*02 | F | 14 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 903253..903340 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ49 | TRAJ49*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 887258..887339 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 904134..904215 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ48 | TRAJ48*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 888245..888335 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ48*02 | F | 14 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 905124..905214 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ47 | TRAJ47*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 890608..890692 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 907479..907563 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ46 | TRAJ46*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 891162..891252 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ46*02 | P | (7) | 14 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 908030..908119 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ45 | TRAJ45*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 891684..891777 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 908550..908643 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ44 | TRAJ44*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 892580..892670 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ44*02 | F | 14 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 909445..909535 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ43 | TRAJ43*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 893672..893753 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 910537..910618 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ42 | TRAJ42*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 894642..894735 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 911506..911599 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ41 | TRAJ41*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 895412..895501 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ41*02 | F | 14 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 912276..912365 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ40 | TRAJ40*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 897444..897532 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 914308..914396 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ39 | TRAJ39*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 899357..899447 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 916220..916310 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ38 | TRAJ38*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 899987..900076 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 916850..916939 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ37 | TRAJ37*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 901507..901596 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 918371..918460 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ36 | TRAJ36*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 902868..902954 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 919732..919818 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ35 | TRAJ35*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 904401..904487 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 921262..921348 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ34 | TRAJ34*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 905433..905518 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 922302..922387 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ33 | TRAJ33*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 906357..906441 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 923226..923310 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ32 | TRAJ32*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 907092..907185 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 923960..924053 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ31 | TRAJ31*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 908698..908782 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 925566..925650 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ30 | TRAJ30*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 910585..910669 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 927452..927536 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ29 | TRAJ29*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 911667..911754 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 928532..928619 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ28 | TRAJ28*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 913349..913442 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 930212..930305 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ27 | TRAJ27*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 913999..914085 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 930862..930948 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ26 | TRAJ26*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 916171..916258 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ26*02 | P | (7) | 14 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 933033..933119 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ25 | TRAJ25*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 916537..916624 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 933398..933485 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ24 | TRAJ24*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 917694..917784 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 934554..934644 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ23 | TRAJ23*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 918141..918231 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 935001..935091 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ22 | TRAJ22*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 919765..919855 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 936624..936714 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ21 | TRAJ21*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 921330..921412 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 938184..938266 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ20 | TRAJ20*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 922054..922138 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 938908..938992 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ19 | TRAJ19*01 | ORF | (8) | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 922997..923079 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 939851..939933 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ18 | TRAJ18*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 923379..923472 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 940233..940326 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ17 | TRAJ17*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 924573..924663 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 941427..941517 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ16 | TRAJ16*01 | ORF | (9) | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 925941..926028 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 942795..942882 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ15 | TRAJ15*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 927034..927121 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 943888..943975 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ14 | TRAJ14*01 | ORF | (10) | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 927732..927811 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 944586..944665 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ13 | TRAJ13*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 928481..928571 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 945335..945425 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ12 | TRAJ12*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 929344..929431 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 946198..946285 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ11 | TRAJ11*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 929907..929994 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 946761..946848 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ10 | TRAJ10*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 930902..930993 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 947756..947847 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ9 | TRAJ9*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 932956..933044 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 949822..949910 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ8 | TRAJ8*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 933548..933635 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 950414..950501 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ7 | TRAJ7*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 935024..935108 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 951890..951974 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ6 | TRAJ6*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 936472..936561 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 953338..953427 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ5 | TRAJ5*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 937646..937733 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 954512..954599 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ4 | TRAJ4*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 939594..939684 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 956460..956550 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ3 | TRAJ3*01 | F | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 940574..940663 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 957439..957528 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ2 | TRAJ2*01 | ORF | (6) | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 941480..941573 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 958335..958428 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| TRAJ1 | TRAJ1*01 | ORF | (4) | 14 | Kamilah | CM017861.1 | IMGT000106 | MAP | 942448..942535 | LT578329.1 | IMGT000107 | MAP | 959301..959388 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IMGT notes:
- (1) noncanonical DONOR-SPLICE: ngc instead of ngt, noncanonical J-MOTIF: FGXN instead of FGXG
- (2) STOP-CODON in J-REGION
- (3) noncanonical DONOR-SPLICE: nct instead of ngt
- (4) noncanonical J-NONAMER: attctgtaa instead of ggtttttgt, noncanonical J-HEPTAMER: gggcatg instead of cactgtg
- (5) STOP-CODON in J-REGION, no DONOR-SPLICE
- (6) noncanonical J-NONAMER: agtttctgc instead of ggtttttgt, noncanonical J-HEPTAMER: tatggtg instead of cactgtg
- (7) frameshift in J-REGION: deletion of 1 nt
- (8) noncanonical J-HEPTAMER: gacagat instead of cactgtg, noncanonical J-NONAMER: aaatgaggt instead of ggtttttgt
- (9) noncanonical J-MOTIF: FAXG instead of FGXG
- (10) noncanonical J-MOTIF: FGXR instead of FGXG
- (11) the first codon of the germline J-REGION is a STOP-CODON which may disappear during rearrangements
More information:
- Gene table: Western lowland gorilla (Gorilla gorilla gorilla) TRAV
- Gene table: Western lowland gorilla (Gorilla gorilla gorilla) TRAC
- Gene table: Western lowland gorilla (Gorilla gorilla gorilla) TRDV
- Gene table: Western lowland gorilla (Gorilla gorilla gorilla) TRDD
- Gene table: Western lowland gorilla (Gorilla gorilla gorilla) TRDJ
- Gene table: Western lowland gorilla (Gorilla gorilla gorilla) TRDC
See also (IMGT Scientific chart):
- Created:
- 19/05/2022
- Last updated:
- 22/09/2023
- Authors:
- Joanna Maria Rosinska, Chahrazed Debbagh
IMGT Home page |
IMGT Repertoire (IG and TR) |
IMGT Repertoire (MH) |
IMGT Repertoire (RPI) |
IMGT Index |
IMGT Scientific chart |
IMGT Education |
IMGT Latest news 
© Copyright 1995-2024 IMGT®, the international ImMunoGeneTics information system® | Terms of use | About us | Contact us | Citing IMGT